Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000382`

染色体: Chr07 坐标: 2576004-2577510 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000382`
名称	SmilChr07G000382
描述	putative F-box/LRR-repeat protein At3g44080
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2576004 - 2577510 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991583`
GeneID	`130991583`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991583`
原始查询	`LOC130991583`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative F-box/LRR-repeat protein At3g44080
产物	putative F-box/LRR-repeat protein At3g44080
Arabidopsis	`AT4G00320` (AT4G00320) F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827939] identity=31.4; qcov=0.466; evalue=6.3e-16; confidence=low
Rice	`Os08g0281600` (OsFBX283) - identity=30.1; qcov=0.441; evalue=8.16e-10; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF07723 (LRR_2); PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991583

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771856.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771856.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771856.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771856.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771856.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2576049`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B99,C49,C78,C85
`Chr7:2576057`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B73
`Chr7:2576057`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B73
`Chr7:2576070`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B99,C49,C78,C85
`Chr7:2576071`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:2576183`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	A19,B123,B125,B129,B134,B45,B60,B75,B85,B9,C37,C64,C66,C72,C81
`Chr7:2576251`	`A`	`AAG`	2bp_insertion	frameshift_variant	17	A7,B1,B103,B121,B13,B18,B26,B76,B82,B85,B92,C21,C24,C51,C63,C7,D10
`Chr7:2576332`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr7:2576385`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,B8
`Chr7:2576449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B13,B75,B77,B9,B95
`Chr7:2576476`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr7:2576494`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B18

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771856.1

444 aa

222

444

LRR_At1g61320_AtMIF1

LRR_At5g56370

LRR_2

PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 82-223 aa PF24758 LRR_At5g56370 119-196 aa PF07723 LRR_2 161-185 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771856.1`	Pfam	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	Repeat	82	223	4.2e-09	37.0	At1g61320/AtMIF1, LRR domain
`XP_057771856.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	119	196	6.5e-13	49.6	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats
`XP_057771856.1`	Pfam	`PF07723`	LRR_2	Repeat	161	185	0.00036	21.8	Leucine Rich Repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915873.1
AAAACTTTCAAAATTTGCAAGTCTTCCTCCCATGGAGACTGCTCAGAAAAGAATTGCAGCAGATGGCGAATCCAAACTTCCAGACGAAATCATTCAGCACATACAATCTCTTATGTCTGAAAGGGATGCTGCTCGAACCACTCTCCTATCCAAGTCGTGGCACGGCGCGTGGTGCACGCGCCCCAACCTCTGTCTCGACCCCTTCACGTTTCGGTATCGCATGGATGAGTTCCCTATATTCGCGAGGAAGTCCATGCAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991583
ATGGAGACTGCTCAGAAAAGAATTGCAGCAGATGGCGAATCCAAACTTCCAGACGAAATCATTCAGCACATACAATCTCTTATGTCTGAAAGGGATGCTGCTCGAACCACTCTCCTATCCAAGTCGTGGCACGGCGCGTGGTGCACGCGCCCCAACCTCTGTCTCGACCCCTTCACGTTTCGGTATCGCATGGATGAGTTCCCTATATTCGCGAGGAAGTCCATGCAGAGGTATGAAGATTCGAACCTAAAGATTAAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771856.1
METAQKRIAADGESKLPDEIIQHIQSLMSERDAARTTLLSKSWHGAWCTRPNLCLDPFTFRYRMDEFPIFARKSMQRYEDSNLKIKSFKLWVEGDDDSDLARELILKAIKLGATDLTIDVPTWVSINLPYEVLESETLARLSVQNVSVDFKKRNKAVNSSNLKSLHLSNVTVKGDLIRDLISRCPSIEELTLRNLRRSSRFYCDDDTMIEVHKLIKLHKLKYLRLDGLPIKDGLSKHDLWPQFACLKELVIENINLDYVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器