Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000401`

染色体: Chr07 坐标: 2767185-2773074 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000401`
名称	SmilChr07G000401
描述	LEC14B homolog
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2767185 - 2773074 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991596`
GeneID	`130991596`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991596`
原始查询	`LOC130991596`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	LEC14B homolog
产物	LEC14B homolog
Arabidopsis	`AT4G03020` (AT4G03020) transducin family protein / WD-40 repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828111] identity=66.3; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0407200` (OsWD40-119) - identity=64; qcov=0.899; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0043161 (proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process); GO:0080008 (Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991596

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771871.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057771871.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771871.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771871.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771871.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2768484`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr7:2768514`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B134
`Chr7:2768541`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:2769928`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:2770289`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:2770561`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:2771154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,B63,C83
`Chr7:2772196`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr7:2772804`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B91,D11,D9
`Chr7:2772842`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B125,B53,C11,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771871.1

473 aa

236

473

WD40

PF00400 WD40 211-238 aa PF00400 WD40 247-281 aa PF00400 WD40 293-327 aa PF00400 WD40 368-409 aa PF00400 WD40 414-448 aa

XP_057771872.1

473 aa

236

473

WD40

PF00400 WD40 211-238 aa PF00400 WD40 247-281 aa PF00400 WD40 293-327 aa PF00400 WD40 368-409 aa PF00400 WD40 414-448 aa

XP_057771873.1

473 aa

236

473

WD40

PF00400 WD40 211-238 aa PF00400 WD40 247-281 aa PF00400 WD40 293-327 aa PF00400 WD40 368-409 aa PF00400 WD40 414-448 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057771871.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	211	238	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771871.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	247	281	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771871.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	293	327	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771871.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	368	409	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771871.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	414	448	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771872.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	211	238	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771872.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	247	281	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771872.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	293	327	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771872.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	368	409	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771872.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	414	448	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771873.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	211	238	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771873.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	247	281	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771873.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	293	327	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771873.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	368	409	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat
`XP_057771873.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	414	448	2.8e-31	107.3	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915888.1
CACTCATCTTCTTGGTCCAGATTTTTGCCACGCGACCTCACGCGAGTGAGCTAAACTCGAGCTCGCAGCAACTGTGAAAAGCCGAGTATCCAACCGTCTTTGATTACGCTCATCGTCATCACAATTCACACACACACACACACACACACACACAATCTCGATGGAATACGTTCCCATTCATTGCTAAGAAAATCTGAAAATCAATCAAGCGAAAAATCGGATTCTCTTTTGTTAGTCAGAGAATTTTGACTCAGCCTTTT...

XM_057915890.1
CATCTTCTTGGTCCAGATTTTTGCCACGCGACCTCACGCGAGTGAGCTAAACTCGAGCTCGCAGCAACTGTGAAAAGCCGAGTATCCAACCGTCTTTGATTACGCTCATCGTCATCACAATTCACACACACACACACACACACACACACAATCTCGATGGAATACGTTCCCATTCATTGCTAAGAAAATCTGAAAATCAATCAAGCGAAAAATCGGATTCTCTTTTGTTAGTCAGAGAATTTTGACTCAGCCTTTTCAGG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC130991596
ATGAGTAGGCCGAGAAGATATATTACTCCTGGAGATTGCTTTGACGAGCCTGTAGAATTATCGTGTGGCCGTGTGCGACTAGGTTGTGCCGATGATGAATTTGCTCAGCTGACAAAGTTAAGGTCCGCACCACACAAGCGTCTGAGGCAGGTGTTGCCCGGAGAGGCAACATCACTCGTTTCGCCAGTGCAAATGATGTTGGGTAGGGAGTGCAACTACAGTGGGAGAGGCAGGTTTTCTTTATCGGATTCTTGTCATGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057771871.1
MSRPRRYITPGDCFDEPVELSCGRVRLGCADDEFAQLTKLRSAPHKRLRQVLPGEATSLVSPVQMMLGRECNYSGRGRFSLSDSCHVLSRYLPVRTTPSVVDKMTSCAYVSQFSDDGSLFVAGFQESHIKIYDVDRGWKIHKDIRARSLRWTITDTALSPDRRFLVYSSISPVVHIVDVGSATKQSHANVTEIHEGLEFSSNSDDYEDYSFGIFSVKFSTDGREIVAASSDDAIYVYDLEARKLSLRIAAHRADVNSVCF...

XP_057771872.1
MSRPRRYITPGDCFDEPVELSCGRVRLGCADDEFAQLTKLRSAPHKRLRQVLPGEATSLVSPVQMMLGRECNYSGRGRFSLSDSCHVLSRYLPVRTTPSVVDKMTSCAYVSQFSDDGSLFVAGFQESHIKIYDVDRGWKIHKDIRARSLRWTITDTALSPDRRFLVYSSISPVVHIVDVGSATKQSHANVTEIHEGLEFSSNSDDYEDYSFGIFSVKFSTDGREIVAASSDDAIYVYDLEARKLSLRIAAHRADVNSVCF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器