当前解析结果
SmilChr07G000419| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000419 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000419 |
| 描述 | probable galacturonosyltransferase-like 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 2902684 - 2904347 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991616 |
|---|---|
| GeneID | 130991616 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991616 |
| 原始查询 | LOC130991616 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable galacturonosyltransferase-like 4 |
| 产物 | probable galacturonosyltransferase-like 4 |
| Arabidopsis | AT3G06260 (GATL4)galacturonosyltransferase-like 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819800] identity=74.2; qcov=0.917; evalue=1.96e-180; confidence=high |
| Rice | Os03g0359600- identity=70; qcov=0.956; evalue=1.84e-166; confidence=high |
| GO | GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016757 (glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01501 (Glyco_transf_8); PF18404 (Glyco_transf_24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991616 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057771908.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771908.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771908.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771908.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771908.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:2902883 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B137,B27,B98,D10 |
Chr7:2902907 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr7:2902934 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C17 |
Chr7:2902957 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B114 |
Chr7:2902966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:2902967 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr7:2902978 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B139 |
Chr7:2902984 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,B138,B68 |
Chr7:2903054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:2903102 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A25,B71,C12 |
Chr7:2903117 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr7:2903147 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B118,B74 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771908.1PF01501
Glyco_transf_8 55-310 aa
PF18404
Glyco_transf_24 68-231 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771908.1 |
Pfam | PF01501 |
Glyco_transf_8 | Family | 55 | 310 | 2.8e-54 | 185.1 | Glycosyl transferase family 8 |
XP_057771908.1 |
Pfam | PF18404 |
Glyco_transf_24 | Domain | 68 | 231 | 1.2e-09 | 38.7 | Glucosyltransferase 24 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。