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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000419

染色体: Chr07 坐标: 2902684-2904347 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000419
名称SmilChr07G000419
描述probable galacturonosyltransferase-like 4
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2902684 - 2904347 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991616
GeneID130991616
locus_tag-
NCBI NameLOC130991616
原始查询LOC130991616

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable galacturonosyltransferase-like 4
产物probable galacturonosyltransferase-like 4
ArabidopsisAT3G06260 (GATL4)
galacturonosyltransferase-like 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819800]
identity=74.2; qcov=0.917; evalue=1.96e-180; confidence=high
RiceOs03g0359600
-
identity=70; qcov=0.956; evalue=1.84e-166; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016757 (glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01501 (Glyco_transf_8); PF18404 (Glyco_transf_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991616

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057771908.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771908.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771908.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771908.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771908.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2902883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B137,B27,B98,D10
Chr7:2902907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:2902934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr7:2902957 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:2902966 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:2902967 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr7:2902978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr7:2902984 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B115,B138,B68
Chr7:2903054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:2903102 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A25,B71,C12
Chr7:2903117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr7:2903147 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771908.1
338 aa
N
1
169
338
Glyco_transf_8
Glyco_transf_24
C
PF01501 Glyco_transf_8 55-310 aa PF18404 Glyco_transf_24 68-231 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771908.1 Pfam PF01501 Glyco_transf_8 Family 55 310 2.8e-54 185.1 Glycosyl transferase family 8
XP_057771908.1 Pfam PF18404 Glyco_transf_24 Domain 68 231 1.2e-09 38.7 Glucosyltransferase 24

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915925.1
AGCTCCATTTTTTCCATCCTCTAATGGTTTCATGACACTCTTCCCTCCCAAATAAAGCCTCTCCTCCCTTACCCCCAACACAAATAATAACAATAATAATAAAAAAAAAACAACAAACATAGAAAAAAAAAAAAACAGAAAATAAAGACGTTGTAACTAACTTAACTAACTAAATTTTTTGGGGCAGGATGGCCTTGTCCCTTCTCTCTCTCCTGGGCCTCCTGTCTACGATCCTCCTCCGTCCCGACGCCGCGGGCGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991616
ATGGCCTTGTCCCTTCTCTCTCTCCTGGGCCTCCTGTCTACGATCCTCCTCCGTCCCGACGCCGCGGGCGCCATCCGGGTCCCGCGGCCGGTCTCGGCCGTGCCCTCGTTCCGGGAGGCTCCCGCCTTCCGCAACGGGGCGGCATGCAGCTCCCATGCAATCCACGTGGTGATGCCCCTCGACACCAACTACATCCGCGGCACCATGGCCGCCGTGCTGTCGATCCTGCAGCACTCGACGTGCCCGGAAAACGTGTCGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771908.1
MALSLLSLLGLLSTILLRPDAAGAIRVPRPVSAVPSFREAPAFRNGAACSSHAIHVVMPLDTNYIRGTMAAVLSILQHSTCPENVSFHFLSVHLDAEISSLINSTFPFLTFKMYQFDPIRVRGKISKSVRQALDQPLNYARIYMADILPAGVRRVIYLDSDIVVVDDIAKLWGVDLGGKVLAAPEYCHANFTSYFTEAFWSDGRLAAAFEGRRPCYFNTGVMVVDVERWRRGGYTRKVEGWMAVQKRKRIYHLGSLPPIL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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