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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000425

染色体: Chr07 坐标: 2960732-2968781 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000425
名称SmilChr07G000425
描述putative FBD-associated F-box protein At5g22720
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向2960732 - 2968781 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991622
GeneID130991622
locus_tag-
NCBI NameLOC130991622
原始查询LOC130991622

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative FBD-associated F-box protein At5g22720
产物putative FBD-associated F-box protein At5g22720
ArabidopsisAT5G41840 (AT5G41840)
F-box/RNI-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834189]
identity=28.5; qcov=0.498; evalue=3.36e-07; confidence=low
Rice-
-
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991622

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771913.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771913.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771913.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057771913.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057771913.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:2961066 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 104 A10,A11,A13,A18,A20,A24,A4,A6,A8,B10,B101,B102,B103,B107,B11,B112,B113,B118,B120,B121,B122,B124,B126,B13,B132,B135,B136,B137,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B25,B27,B30,B33,B36,B38,B39,B46,B48,B50,B57,B59,B6,B60,B61,B65,B68,B69,B7,B70,B72,B75,B76,B83,B87,B90,B91,B92,B98,C10,C14,C17,C18,C21,C26,C28,C3,C30,C33,C35,C37,C38,C4,C42,C44,C45,C48,C52,C54,C55,C57,C59,C61,C64,C66,C67,C7,C75,C76,C78,C82,C83,C84,C87,C9,D11,D2,D6,D7,D8
Chr7:2961068 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 72 A10,A11,A18,A20,A4,A6,A8,B10,B102,B103,B107,B11,B112,B118,B120,B121,B122,B126,B135,B136,B137,B15,B16,B17,B19,B2,B23,B27,B30,B33,B36,B46,B48,B50,B57,B59,B6,B61,B69,B72,B75,B83,B90,B91,B92,C10,C14,C18,C21,C28,C3,C30,C33,C35,C37,C38,C4,C54,C55,C57,C64,C66,C67,C7,C76,C78,C83,C84,C9,D11,D2,D7
Chr7:2961096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,C18,C54
Chr7:2961107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr7:2961144 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 D1
Chr7:2961144 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 D1
Chr7:2961164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr7:2961168 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 D1
Chr7:2961168 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 D1
Chr7:2961191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B64,D1
Chr7:2961192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B64,D1
Chr7:2961431 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915930.1
ACACCAACTCAAAGAAATCATTCCATCGATAGTCTCTAGTTTTCCTATTTCTCTTCCAACGCCTCTTTCTCTTCCACTACGGCACTACCCTCTATTTTCCTCTCAACATAGCTCTTTCAAGTTTACAAGGTTGTTATGAAGATTTTGATGCTTGATTAATCACTCACATGGCAGATCTACGTACAGATTAAATGCTTGGTTGGATTCGGATAATTCTTCTCGAAAAGTCGTCTCTTGATATGGAAAAGTGCAAGCGAATG...
XM_057915931.1
ATCTACTGATTGAATGCTTGGTTGAATTCGGATATTTCTTCTCGAAAAGTCGTCTCTTGATATGGAAAAGTGCAAGCGAATGGAAATCCGATTGCCGGAAGCTATGATTCACCTAATACAGTCTTTCTTAAGTGAAGAAGAAGCTGCTCGAACAACTCTAATCTCCAAATCATGGTACAATGCTTGGTTAACTCGCCCCGTGCTTGTGCTCAGACATTTCCACCGGAGATCGGCCGAGTTCTCGGAATTTGCAGTGAAGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991622
ATGCTTGGTTGGATTCGGATAATTCTTCTCGAAAAGTCGTCTCTTGATATGGAAAAGTGCAAGCGAATGGAAATCCGATTGCCGGAAGCTATGATTCACCTAATACAGTCTTTCTTAAGTGAAGAAGAAGCTGCTCGAACAACTCTAATCTCCAAATCATGGTACAATGCTTGGTTAACTCGCCCCGTGCTTGTGCTCAGACATTTCCACCGGAGATCGGCCGAGTTCTCGGAATTTGCAGTGAAGACTTTGCGAAGGTA...
LOC130991622
ATGGAAAAGTGCAAGCGAATGGAAATCCGATTGCCGGAAGCTATGATTCACCTAATACAGTCTTTCTTAAGTGAAGAAGAAGCTGCTCGAACAACTCTAATCTCCAAATCATGGTACAATGCTTGGTTAACTCGCCCCGTGCTTGTGCTCAGACATTTCCACCGGAGATCGGCCGAGTTCTCGGAATTTGCAGTGAAGACTTTGCGAAGGTATCAGGATTCCAACTTGAAGATCGAGAGTTTGAGGCTAAAAATGCCACG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057771913.1
MLGWIRIILLEKSSLDMEKCKRMEIRLPEAMIHLIQSFLSEEEAARTTLISKSWYNAWLTRPVLVLRHFHRRSAEFSEFAVKTLRRYQDSNLKIESLRLKMPRCTITDCTVEPLARRLIVDAMKMGATDLNLEFIPPTFVPTMWMPTIVMPQEVLGSETLLRLSLCGCEIDGNVNCSMLKSLSLDRVHLKSADLLESITSCCNSIEELSLSNSYDISNNISNYRTLLSGKNIHELHKLKRLYLEMVIVCNSFFDNLESRF...
XP_057771914.1
MEKCKRMEIRLPEAMIHLIQSFLSEEEAARTTLISKSWYNAWLTRPVLVLRHFHRRSAEFSEFAVKTLRRYQDSNLKIESLRLKMPRCTITDCTVEPLARRLIVDAMKMGATDLNLEFIPPTFVPTMWMPTIVMPQEVLGSETLLRLSLCGCEIDGNVNCSMLKSLSLDRVHLKSADLLESITSCCNSIEELSLSNSYDISNNISNYRTLLSGKNIHELHKLKRLYLEMVIVCNSFFDNLESRFPCLEDMSLVLCSCPPT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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