Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000427`

染色体: Chr07 坐标: 2970850-2973249 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000427`
名称	SmilChr07G000427
描述	uncharacterized SmilChr07G000427
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	2970850 - 2973249 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991623`
GeneID	`130991623`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991623`
原始查询	`LOC130991623`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/FBD/LRR protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824076]; symbol=AT3G49150; hit=AT3G49150; species=arabidopsis; confidence=low
产物	F-box/FBD/LRR protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824076]; symbol=AT3G49150; hit=AT3G49150; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G49150` (AT3G49150) F-box/FBD/LRR protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824076] identity=29.7; qcov=0.381; evalue=3.92e-10; confidence=low
Rice	`Os10g0128200` (OsFbox517) - identity=22.9; qcov=0.752; evalue=1.43e-07; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991623

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057771916.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057771916.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057771916.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057771916.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057771916.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:2971258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C62
`Chr7:2971258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr7:2971264`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B113,B128,B130,B81,C32,C35,C68,D4
`Chr7:2971289`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B119
`Chr7:2971348`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	28	A20,A21,B103,B124,B17,B32,B36,B40,B58,B59,B74,B86,B90,B92,B93,B94,C13,C2,C20,C21,C33,C46,C62,C65,C78,C85,C86,D5
`Chr7:2971411`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,C74
`Chr7:2971414`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	48	A14,A15,A19,B103,B105,B106,B125,B135,B136,B138,B16,B21,B24,B3,B30,B4,B41,B45,B50,B57,B61,B69,B70,B71,B82,B83,B86,B87,B91,B97,C10,C12,C16,C24,C25,C27,C28,C30,C39,C48,C50,C51,C53,C69,C73,C77,C82,D6
`Chr7:2971419`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	48	A14,A15,A19,B103,B105,B106,B125,B135,B136,B138,B16,B21,B24,B3,B30,B4,B41,B45,B50,B57,B61,B69,B70,B71,B82,B83,B86,B87,B91,B97,C10,C12,C16,C24,C25,C27,C28,C30,C39,C48,C50,C51,C53,C69,C73,C77,C82,D6
`Chr7:2971427`	`TCA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	24	A20,B103,B124,B17,B32,B36,B40,B58,B59,B74,B86,B90,B92,B93,C13,C2,C21,C33,C46,C62,C65,C78,C85,C86
`Chr7:2971431`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	56	A1,A13,A14,A16,A19,A24,A3,B1,B109,B120,B124,B13,B136,B16,B18,B20,B21,B25,B26,B28,B29,B39,B48,B54,B58,B60,B65,B66,B67,B68,B7,B72,B79,C19,C23,C27,C29,C30,C41,C42,C45,C52,C61,C62,C63,C7,C70,C71,C74,C75,C81,C82,D11,D2,D5,D8
`Chr7:2971467`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	15	B103,B17,B32,B36,B40,B58,B59,B74,B90,B93,C13,C21,C33,C78,C86
`Chr7:2971479`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B60,B88,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057915933.1
TTTTCCATTTTATCTCACCAGAGTTGTCGCAAATTTTCAAGGCTGATATGAAGATTCAGATAATTCTTCGGGTTCTCAAAAAGTGGATGTGTCTTGGAATGGAAAAGGGCGAACGAATCGAAATCAGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGGGCGAACGAATCGAAACCGGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGGGCGAACGAATGGAAACCGGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGCTGATACAGTCTTTCTTGAGTGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991623
ATGAAGATTCAGATAATTCTTCGGGTTCTCAAAAAGTGGATGTGTCTTGGAATGGAAAAGGGCGAACGAATCGAAATCAGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGGGCGAACGAATCGAAACCGGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGGGCGAACGAATGGAAACCGGATTGCCGGAAGCCATGATTCAGCTGATACAGTCTTTCTTGAGTGAAGAAGATGCTGCTCGAACCACTCTTATCTCCAAATCATGGTACAACGCTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057771916.1
MKIQIILRVLKKWMCLGMEKGERIEIRLPEAMIQGERIETGLPEAMIQGERMETGLPEAMIQLIQSFLSEEDAARTTLISKSWYNAWQTRPVLVLRNVDWRTSDTEFSKFALKAMRRYQDSNLRIESLRLKFPGYRMSFEPLAHRLIVDAMKMGATDLKIEFFSFVLPPEVLLSETLLRLSVFGCEIDGSVKCSMLKSLSLDRVVLKSDDMLRIITSCCNSIEELSLSNFYFSKPRIILSGKNMHELHKLKRLYLKMLDF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器