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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000460

染色体: Chr07 坐标: 3246207-3247825 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000460
名称SmilChr07G000460
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3246207 - 3247825 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991650
GeneID130991650
locus_tag-
NCBI NameLOC130991650
原始查询LOC130991650

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glucosyltransferase 29-like
产物UDP-glucosyltransferase 29-like
ArabidopsisAT5G65550 (AT5G65550)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681]
identity=31.2; qcov=0.931; evalue=7.84e-64; confidence=low
RiceOs07g0672700
-
identity=39.3; qcov=1; evalue=5.18e-102; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF26168 (Glyco_transf_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991650

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057771961.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057771961.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771961.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771961.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771961.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3246523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C34
Chr7:3246524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C34
Chr7:3246571 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr7:3246886 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 B122
Chr7:3246886 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 B122
Chr7:3246944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:3247164 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr7:3247228 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:3247368 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C34
Chr7:3247371 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B108,C80,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771961.1
475 aa
N
1
238
475
Glyco_transf_N
UDPGT
C
PF26168 Glyco_transf_N 27-149 aa PF00201 UDPGT 295-432 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771961.1 Pfam PF26168 Glyco_transf_N Domain 27 149 1.9e-06 28.7 Glycosyltransferase, N-terminal domain
XP_057771961.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 295 432 3.3e-15 56.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915978.1
TAGAAAACAATTGCCTTAAAAGCATGACTATTCCACTGAATTATTGAAACAAAGAAGACAAATACAAAGACCTCACTATCACTTAGTAGCCTACCAACTGTTTGCGTAAATGTCTACATTAAGAAAAAATACCAAGGCCAAACTTCCATTCAATTCAACCATGGCGGAAGAGAAAACTCCAAAATTCACCATCTTATTGTTTCCATGGCTAGCTTACTCACACGTACACCCCTTCTTCGAACTCGCCAACAATCTCGCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991650
ATGTCTACATTAAGAAAAAATACCAAGGCCAAACTTCCATTCAATTCAACCATGGCGGAAGAGAAAACTCCAAAATTCACCATCTTATTGTTTCCATGGCTAGCTTACTCACACGTACACCCCTTCTTCGAACTCGCCAACAATCTCGCACACAAAAGATTCCGCATCCATTTCTGCTCCTCCGCCGTCAATCTCGACTCGATTCGAGGCAAGTTCGGCAAAGATTCCTCCACCGCCGTCGATCTAATCGAGCTCCCTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771961.1
MSTLRKNTKAKLPFNSTMAEEKTPKFTILLFPWLAYSHVHPFFELANNLAHKRFRIHFCSSAVNLDSIRGKFGKDSSTAVDLIELPFPPLPELPPHLHTTKNLPPNLMPTLVHAFQQTSSAFSEIMNRVSPDLLIYDFFQPWAAKQARRRGIPSVYFATAGAAPFSFFYHQFRHGENRDFPHEEIYLSDREKIDASAPIKLEIEDADEDAFSFGVFDLSCDIVLIKGFQGFDGKYIDYLSELCNKRVIPTGPLALDPNDQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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