当前解析结果
SmilChr07G000468| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000468 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000468 |
| 描述 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 3284429 - 3290968 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991662 |
|---|---|
| GeneID | 130991662 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991662 |
| 原始查询 | LOC130991662 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| 产物 | UDP-glucosyltransferase 29-like |
| Arabidopsis | AT5G65550 (AT5G65550)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836681] identity=30.1; qcov=0.998; evalue=1.22e-65; confidence=low |
| Rice | Os07g0672700- identity=38.3; qcov=1.04; evalue=7.36e-103; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991662 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057771976.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057771976.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771976.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771976.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771976.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:3284603 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B1,B27,B45 |
Chr7:3284607 |
GCC |
G |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C3 |
Chr7:3284607 |
GCC |
G |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr7:3284652 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 27 | A1,A10,A19,A23,B100,B101,B103,B107,B109,B133,B17,B46,B54,B69,B84,B86,B98,C16,C46,C49,C54,C55,C60,C87,D1,D3,D9 |
Chr7:3284671 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B113,B70 |
Chr7:3284681 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 21 | A1,A10,A19,A23,B100,B101,B107,B109,B133,B17,B33,B46,B81,B84,B86,B98,C49,C55,C60,D1,D9 |
Chr7:3284765 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 4 | B106,B8,C3,C7 |
Chr7:3284765 |
GA |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 4 | B106,B8,C3,C7 |
Chr7:3284768 |
C |
CG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 4 | B106,B8,C3,C7 |
Chr7:3284768 |
C |
CG |
1bp_insertion | CDS_variant | 4 | B106,B8,C3,C7 |
Chr7:3284779 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B106,B136 |
Chr7:3284871 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A19,B23,C46 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771976.1PF00201
UDPGT 247-410 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771976.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 247 | 410 | 1.6e-20 | 74.2 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。