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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000474

染色体: Chr07 坐标: 3312539-3316166 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000474
名称SmilChr07G000474
描述lipase-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3312539 - 3316166 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991666
GeneID130991666
locus_tag-
NCBI NameLOC130991666
原始查询LOC130991666

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述lipase-like
产物lipase-like
ArabidopsisAT5G18630 (AT5G18630)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831981]
identity=59.4; qcov=0.981; evalue=4.98e-153; confidence=high
RiceOs05g0372400
-
identity=55.8; qcov=0.975; evalue=1.03e-146; confidence=high
GOGO:0006629 (lipid metabolic process)
KEGG-
PfamPF01764 (Lipase_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991666

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057771980.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057771980.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057771980.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771980.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057771980.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3312845 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B63,C71
Chr7:3312847 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C39,C55,C56
Chr7:3312898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,A8,B131,B56,B96
Chr7:3313761 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:3313806 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:3314101 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr7:3315347 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr7:3315839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057771980.1
362 aa
N
1
181
362
Lipase_3
C
PF01764 Lipase_3 107-246 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057771980.1 Pfam PF01764 Lipase_3 Domain 107 246 7.9e-36 123.7 Lipase (class 3)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057915997.1
TTGAATTTTCAAAATGGTCCATATTTTTCCCAAGACTACTTGCACGAACCATCAAAAAATCCGCAAGCCCTAAATCAATTGCATCAACAATTTCTCGACGTCGTTTTGCGCCTTCCCAGCTCCACTTGGCATCCTTCCACCGGCTCACGGTCGCCGGAAAACGACTGCCCCCTTTTCAAATTGGAGCGCGCAATTCGATTTTGGGAACTTTTAATTAGGGCATGGAAAGAAGGAGATGGTTGCTTATCGCAATTCTCATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991666
ATGGAAAGAAGGAGATGGTTGCTTATCGCAATTCTCATATGTTCGGCGACCTTCTCATCATGTAGAGAACTCAAGGTGACAGTCAAGCATAAGCACAACCCTAAGCAGCATGACACGGCAATGTACAATCATACTTTTGCAACAATATTGGTGCAATATGCTTCAGCTGTATATATGTCAGACTTGACTGAGTTGTTTACATGGACCTGCTCAAGATGTAATGGTCTAACCGAGGGCTTTGAAATGCTTGAGCTGATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057771980.1
MERRRWLLIAILICSATFSSCRELKVTVKHKHNPKQHDTAMYNHTFATILVQYASAVYMSDLTELFTWTCSRCNGLTEGFEMLELIVDVKWCLQGFVGFAANLNSVVIAFRGTQETSIQNWVEDLFWKQLDINYPGVDGAMVHHGFYDAYNDSSLRPGVLSAVQLAKELYGDTNIIVTGHSMGGAMAALCGLDLRLTLGEQQKVQVMTFGQPRIGNAVFASYYYQVVPDTFRIVHGNDMVPHLPPYYYYFPQKTYHHFPR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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