当前解析结果
SmilChr07G000476| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000476 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000476 |
| 描述 | serine/threonine-protein kinase PBL27 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 3324682 - 3330200 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991669 |
|---|---|
| GeneID | 130991669 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991669 |
| 原始查询 | LOC130991669 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | serine/threonine-protein kinase PBL27 |
| 产物 | serine/threonine-protein kinase PBL27 |
| Arabidopsis | AT5G18610 (AT5G18610)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831979] identity=76; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0936100 (OsRLCK55)- identity=69.8; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991669 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057771984.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057771984.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057771984.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057771984.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057771984.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:3325260 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B69 |
Chr7:3325261 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C74 |
Chr7:3325302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,C55 |
Chr7:3325325 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B115,B120,B16,B61,D2 |
Chr7:3325330 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 136 | A11,A14,A15,A16,A19,A20,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A7,A8,B1,B100,B103,B105,B106,B108,B109,B112,B113,B12,B121,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B132,B133,B134,B135,B137,B138,B15,B18,B19,B22,B23,B25,B26,B29,B3,B32,B35,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B46,B47,B48,B50,B51,B55,B59,B6,B62,B63,B68,B70,B71,B73,B75,B76,B77,B8,B81,B83,B85,B86,B87,B89,B97,B98,B99,C10,C11,C14,C15,C16,C17,C20,C22,C23,C24,C25,C28,C30,C31,C32,C37,C38,C4,C41,C42,C43,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C53,C56,C57,C58,C60,C61,C62,C64,C66,C69,C70,C72,C73,C77,C78,C81,C84,C85,C87,C9,D1,D2,D6,D7,D8,D9 |
Chr7:3325337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B98,C55 |
Chr7:3325395 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,C61 |
Chr7:3325436 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B89,B97,C33,C46,D7 |
Chr7:3325490 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B24,C80 |
Chr7:3325512 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr7:3325514 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B24,C80 |
Chr7:3325553 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,C25 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057771984.1PF00069
Pkinase 90-298 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 91-297 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057771984.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 90 | 298 | 5.4e-45 | 154.6 | Protein kinase domain |
XP_057771984.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 91 | 297 | 1.8e-46 | 159.2 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。