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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000486

染色体: Chr07 坐标: 3400062-3403260 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000486
名称SmilChr07G000486
描述uncharacterized SmilChr07G000486
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3400062 - 3403260 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991679
GeneID130991679
locus_tag-
NCBI NameLOC130991679
原始查询LOC130991679

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991679

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057771999.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057771999.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057771999.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057771999.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057771999.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3400313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr7:3400338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr7:3400348 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B33
Chr7:3400348 C CTT 2bp_insertion CDS_variant 1 B33
Chr7:3400390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr7:3400444 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr7:3400449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr7:3400460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B43
Chr7:3400487 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B43,C13
Chr7:3400501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117
Chr7:3400506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,A3,B30,B36,B77
Chr7:3400533 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B17,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916018.1
GTTAACTATTGTTATTTTTTTAATTTTTTATTTTGTTGGTGGTGGGACCCACACTCTCTTCACCACCAAACTCGCCGGAAACCTAATCAAACACCTTCTTCCTCACCCCCACGCTGACCCCACTTCCACTCTCAAATCTCTCTCTCTCGCGGTTCACCCACATCCGCCACTCTCCCTCGAATCTCCTCCCGCCGCCGCCCGTAGGTCAGGCGACACCGCCACTAGCATGTCTAAAGCATATGGGGCCTTACATTTGGTGT...
XM_057916017.1
CGGAAACCTAATCAAACACCTTCTTCCTCACCCCCACGCTGACCCCACTTCCACTCTCAAATCTCTCTCTCTCGCGGTTCACCCACATCCGCCACTCTCCCTCGAATCTCCTCCCGCCGCCGCCCGTAGGTCAGGCGACACCGCCACTAGCATGTCTAAAGCATATGGGGCCTTACATTTGGTGTGTTTTGTTCAGTAACAGCCCGACAACCCGACAAGCAGAAGAGAGGCTGTTACAGTGGAGCTAACTTGCCTTGCAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991679
ATGCAACTAGAAGAAGAGAAAATAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGTTGAGAGTGTCTGCAGCAACCAGTCTTTAGAGATGGCTCCTCTGACAGAATCTGAATTGCATTTGTTCAAGAAGTTATTCCACGATCAATCTAAGGGAATTTTTCAGACCCGAGACAAAGACATCAATTCAAAAGAGATGTGGATTGAGATTCTGACAGAGTATAATAGACGGGCACAGCAGAGCAACGAACAACCCCAACAAAACTGGATGGA...
LOC130991679
ATGCAACTAGAAGAAGAGAAAATAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGTTGAGAGTGTCTGCAGCAACCAGTCTTTAGAGATGGCTCCTCTGACAGAATCTGAATTGCATTTGTTCAAGAAGTTATTCCACGATCAATCTAAGGGAATTTTTCAGACCCGAGACAAAGACATCAATTCAAAAGAGATGTGGATTGAGATTCTGACAGAGTATAATAGACGGGCACAGCAGAGCAACGAACAACCCCAACAAAACTGGATGGA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057771999.1
MQLEEEKIKEEEEEEVESVCSNQSLEMAPLTESELHLFKKLFHDQSKGIFQTRDKDINSKEMWIEILTEYNRRAQQSNEQPQQNWMDVIKAGKQLHSTFCIQRSLAEQGCQQERDPILMEIFDPCDTCKKKVIVSPLSLLSEELRKQRGAVDVNLNQIFEFCETCKGKIPSFPTSMMTSSSGLGSRTFSSIGGEVEGRFVRPCLAPVAPADHEQIKAAIDVLTAMGTKKLIDVQTLWKLAGHCSWGNLDLIMVLKSPATL...
XP_057772000.1
MQLEEEKIKEEEEEEVESVCSNQSLEMAPLTESELHLFKKLFHDQSKGIFQTRDKDINSKEMWIEILTEYNRRAQQSNEQPQQNWMDVIKAGKQLHSTFCIQRSLAEQGCQQERDPILMEIFDPCDTCKKKVIVSPLSLLSEELRKQRGAVDVNLNQIFEFCETCKGKIPSFPTSMMTSSSGLGSRTFSSIGGEVEGRFVRPCLAPVAPADHEQIKAAIDVLTAMGTKKLIDVQTLWKLAGHCSWGNLDLIMVLKSPATL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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