当前解析结果
SmilChr07G000527| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000527 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000527 |
| 描述 | putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g22670 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 3671427 - 3673007 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991709 |
|---|---|
| GeneID | 130991709 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991709 |
| 原始查询 | LOC130991709 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g22670 |
| 产物 | putative F-box/FBD/LRR-repeat protein At5g22670 |
| Arabidopsis | AT5G22670 (AT5G22670)F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832330] identity=28.8; qcov=1.04; evalue=4.09e-21; confidence=low |
| Rice | Os10g0128200 (OsFbox517)- identity=29.4; qcov=0.6; evalue=1.12e-16; confidence=low |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00646 (F-box); PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1); PF24758 (LRR_At5g56370) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991709 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772052.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057772052.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772052.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772052.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772052.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:3671444 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr7:3671510 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,B68,C13,C87 |
Chr7:3671563 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B13,C48 |
Chr7:3671568 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B37,B74,B99,C85 |
Chr7:3671573 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,B98 |
Chr7:3671604 |
G |
GTT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 21 | A7,B109,B112,B113,B118,B14,B140,B18,B2,B26,B37,B39,B46,B70,B72,B75,B97,C54,C80,C83,C86 |
Chr7:3671635 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,B98 |
Chr7:3671639 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B53,C21,C34 |
Chr7:3671640 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,C52 |
Chr7:3671686 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 16 | A5,B102,B11,B111,B17,B6,B63,B85,C18,C57,C67,C7,C71,C73,C76,C84 |
Chr7:3671784 |
G |
GGT |
2bp_insertion | frameshift_variant | 13 | B1,B10,B104,B123,B132,B16,B3,B35,B43,B48,B53,C24,C86 |
Chr7:3671793 |
TTA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 11 | B1,B104,B123,B132,B135,B16,B35,B43,B48,B53,C86 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772052.1PF00646
F-box 6-45 aa
PF23622
LRR_At1g61320_AtMIF1 78-235 aa
PF24758
LRR_At5g56370 95-234 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772052.1 |
Pfam | PF00646 |
F-box | Domain | 6 | 45 | 1.4e-05 | 25.5 | F-box domain |
XP_057772052.1 |
Pfam | PF23622 |
LRR_At1g61320_AtMIF1 | Repeat | 78 | 235 | 1.2e-11 | 45.3 | At1g61320/AtMIF1, LRR domain |
XP_057772052.1 |
Pfam | PF24758 |
LRR_At5g56370 | Repeat | 95 | 234 | 5.5e-14 | 53.1 | FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。