Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000520`

染色体: Chr07 坐标: 3644841-3646695 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000520`
名称	SmilChr07G000520
描述	putative F-box protein At1g49610
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3644841 - 3646695 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991710`
GeneID	`130991710`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991710`
原始查询	`LOC130991710`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative F-box protein At1g49610
产物	putative F-box protein At1g49610
Arabidopsis	`AT5G53840` (AT5G53840) F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835465] identity=26.5; qcov=1.01; evalue=5.46e-25; confidence=low
Rice	`Os10g0128200` (OsFbox517) - identity=24.5; qcov=1; evalue=1.02e-17; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991710

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772054.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772054.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772054.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772054.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057772054.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3645114`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr7:3645170`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C15,C4,C42,D8
`Chr7:3645190`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C4,D8
`Chr7:3645275`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr7:3645299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B118,B20,C15,C4,C42
`Chr7:3645398`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	20	A13,A19,A23,A25,B107,B12,B138,B19,B22,B25,B59,B71,B8,C17,C20,C42,C70,C9,D7,D8
`Chr7:3645405`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	A3,B139,B15,C18
`Chr7:3645405`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	A3,B139,B15,C18
`Chr7:3645454`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C17
`Chr7:3645572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr7:3645714`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B35
`Chr7:3645714`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772054.1

436 aa

218

436

F-box

LRR_At1g61320_AtMIF1

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 6-46 aa PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 73-400 aa PF24758 LRR_At5g56370 94-228 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772054.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	6	46	1.2e-05	25.8	F-box domain
`XP_057772054.1`	Pfam	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	Repeat	73	400	6.9e-12	46.2	At1g61320/AtMIF1, LRR domain
`XP_057772054.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	94	228	2e-10	41.5	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916071.1
TTGTTGGATACGAGAGAGGTAGTTATTCGGGTGGGCCCACGGATTGACATCCCTAACAAGAGGCGTCACATATTTGAAGCCAAACCAAAACTTTCTTCTTCTACAAGAGGCGCCGCATATTTGAAGCCAAACCCAAACTTACCGCCCTCCCCACCGCCTCCGCACTGCTGCTTCTCCGCGTCGACCGACCGACCGAAGAATCGATTACACCACCGGCAAGAGTTTTGAGTAGTGAAACAATGGATGATGATCGACTCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991710
ATGGATGATGATCGACTCAGTGAGTTACCTGACTCGTTAATCCTGACCATTCTTTCGTTGTTAAATATGAATGATGTGGTTATGACAACCCTTCTCTCCAAACGATGGAAGAATCGATGGACCACCGTCCCCTGCCTTCGTTTTGACCCTCCTTTCAAGCATAATAAGTGGGTTGAATATTCAAAGTTTGTTTCTGGGGCTCTTGCACAATGGAAAGGTGCCAAGATTATGAAGCTCACCATAATCTTCCATGGTCATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772054.1
MDDDRLSELPDSLILTILSLLNMNDVVMTTLLSKRWKNRWTTVPCLRFDPPFKHNKWVEYSKFVSGALAQWKGAKIMKLTIIFHGHGSSPSTDIDSWLRFAIEKQVEKLLVVFKNDDAYLVPQCLYSCSSITELSLSKCSLKIERNVQWNQLKRLAIYQTDALSGDVMNQILVGAPLLEELVLLVLWGFEISENFNIRSTSLKILEINGCNVKAEAELRICAPNLLSLEVSASVCGSCLLYVPSLTTATLCFDDYSITRE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器