Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000542`

染色体: Chr07 坐标: 3735971-3738498 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000542`
名称	SmilChr07G000542
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3735971 - 3738498 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991727`
GeneID	`130991727`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991727`
原始查询	`LOC130991727`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
产物	F-box/LRR-repeat protein At3g26922-like
Arabidopsis	`AT3G52680` (AT3G52680) F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824434] identity=31.3; qcov=0.532; evalue=3.06e-24; confidence=low
Rice	`Os01g0595700` (OsRALyase1) - identity=29.6; qcov=0.525; evalue=3.04e-13; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF23622 (LRR_At1g61320_AtMIF1); PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991727

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772074.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772074.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772074.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772074.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057772074.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3736186`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	3	B107,B24,C26
`Chr7:3736186`	`GTT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B107,B24,C26
`Chr7:3736188`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B126,B4,B43,C54,C82,D4
`Chr7:3736198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:3736207`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B139,B28,C21
`Chr7:3736210`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr7:3736288`	`T`	`TGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	83	A1,A11,A13,A15,A18,A19,A20,A6,A7,A9,B103,B106,B108,B113,B119,B128,B129,B130,B131,B132,B136,B16,B17,B18,B19,B2,B26,B31,B34,B38,B40,B41,B43,B46,B47,B5,B51,B54,B56,B58,B60,B62,B63,B65,B73,B77,B81,B82,B84,B86,B9,B90,B92,B97,B98,B99,C1,C16,C19,C22,C24,C27,C3,C40,C41,C48,C49,C50,C55,C57,C63,C66,C75,C76,C78,C80,C81,C85,C87,C9,D1,D11,D6
`Chr7:3736293`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	90	A1,A11,A13,A15,A18,A19,A20,A3,A6,A7,A9,B103,B106,B108,B113,B115,B119,B128,B129,B130,B131,B132,B136,B139,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B26,B31,B34,B38,B40,B41,B46,B47,B48,B5,B51,B56,B58,B60,B62,B63,B65,B66,B67,B73,B74,B77,B81,B82,B84,B86,B9,B90,B92,B93,B94,B97,B98,B99,C1,C16,C19,C22,C24,C27,C3,C40,C41,C48,C49,C50,C55,C57,C63,C66,C75,C76,C80,C81,C85,C87,C9,D1,D11,D6
`Chr7:3736333`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	77	A1,A14,A19,A20,A24,A5,B104,B105,B108,B11,B110,B114,B121,B127,B13,B134,B135,B14,B15,B18,B2,B23,B28,B30,B34,B37,B39,B4,B43,B44,B5,B52,B53,B61,B65,B70,B73,B75,B78,B79,B82,B84,B87,B88,B92,B97,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C26,C27,C29,C34,C35,C36,C39,C42,C48,C5,C52,C54,C63,C64,C65,C66,C70,C71,C77,C78,C82,C85,D10,D2,D3
`Chr7:3736343`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	109	A1,A14,A19,A2,A20,A22,A24,A4,A5,B100,B102,B104,B105,B108,B109,B11,B110,B111,B114,B121,B127,B128,B13,B131,B135,B137,B140,B15,B18,B2,B22,B23,B25,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B34,B37,B39,B4,B40,B43,B44,B45,B5,B52,B53,B56,B61,B62,B65,B70,B73,B75,B78,B79,B80,B82,B84,B87,B88,B92,B96,B97,C10,C11,C13,C14,C16,C17,C19,C24,C26,C27,C29,C30,C31,C33,C34,C35,C36,C39,C43,C47,C52,C54,C56,C6,C62,C63,C64,C69,C70,C71,C73,C74,C76,C77,C78,C82,C84,C85,D10,D2,D5,D7
`Chr7:3736351`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	99	A19,A2,A20,A22,A24,A4,A5,A7,B102,B104,B105,B108,B109,B11,B110,B111,B114,B121,B127,B13,B131,B135,B140,B15,B18,B2,B22,B23,B25,B27,B28,B29,B3,B32,B34,B37,B39,B4,B40,B43,B44,B45,B5,B52,B53,B56,B61,B65,B70,B73,B75,B78,B79,B80,B82,B84,B87,B88,B92,B96,B97,C10,C11,C13,C16,C17,C19,C24,C27,C29,C30,C31,C35,C39,C43,C47,C52,C54,C62,C63,C64,C66,C69,C70,C71,C73,C74,C76,C77,C78,C82,C84,C85,D10,D2,D3,D4,D5,D7
`Chr7:3736355`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B53,C16,C66,C71,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772074.1

438 aa

219

438

F-box

LRR_At1g61320_AtMIF1

LRR_At5g56370

PF00646 F-box 13-53 aa PF23622 LRR_At1g61320_AtMIF1 72-237 aa PF24758 LRR_At5g56370 92-239 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772074.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	13	53	4.7e-06	27.0	F-box domain
`XP_057772074.1`	Pfam	`PF23622`	LRR_At1g61320_AtMIF1	Repeat	72	237	2e-09	38.0	At1g61320/AtMIF1, LRR domain
`XP_057772074.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	92	239	3.8e-11	43.8	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916091.1
GATAATGGAGAATAGTGATGTTTAACGGAATTATTTTGAATTTCATCTTTGGTTGTCTTTTTCCAAGACTTTCTGCTTTTTCTGCAAAAGTTAACTTACCCCATACGCCTTAGGGTGTACTAATTACCAAAGAGTGTACTAATTACTGTGGGGTTTTGGTGGAAATTACTCTCTTGCTTGTGCTCTGCTCTCTCTCATCCCAATACATTTACTTTCCTTTCCCTCTTGACTCTGAAATTCTTTATATTCTTCACAGAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991727
ATGGATTCGTGGCAGTCTTATGATCACCGTGATCGGCTAAGTGCGTTACCCGACTCCTTAACCCTCATGATTCTTTCACTGTTGGAAACGCGGTATGTTGTTAGGACAACAATACTCTCCCAACGTTGGAGAGATCTTTGGACCACCGTGCCCCGCCTGAAATTTGAAGGTTTTAATCCTCGACATTTTATTTGTAAAGTTCTCGCAAAATGGAGTGGTGCGAAGATCGTGGGCTTCTACCTTTCTACAACCTGTTCGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772074.1
MDSWQSYDHRDRLSALPDSLTLMILSLLETRYVVRTTILSQRWRDLWTTVPRLKFEGFNPRHFICKVLAKWSGAKIVGFYLSTTCSIRPSDLDSWLLFAVEKQVEELYIDFGPHTNAYYCPPQRLYSCSSITELHLGLCCLLEIEGNVQWSRLKSLYIQVPDSSCHDAINKILLGAPRLEEMTLFIGKINENFTIRSTSLKTLSILNQYWMVNADIMAMLRIEAPNLLTLQIWGANVVNGGSCLFDVPSLTEASFSRFCE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器