Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000550`

染色体: Chr07 坐标: 3792440-3794350 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000550`
名称	SmilChr07G000550
描述	putative F-box protein At1g49610
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3792440 - 3794350 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991730`
GeneID	`130991730`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991730`
原始查询	`LOC130991730`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative F-box protein At1g49610
产物	putative F-box protein At1g49610
Arabidopsis	`AT5G56440` (AT5G56440) F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835745] identity=27.1; qcov=0.951; evalue=1.83e-19; confidence=low
Rice	`Os01g0595700` (OsRALyase1) - identity=28.4; qcov=0.479; evalue=7.58e-13; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF24758 (LRR_At5g56370)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991730

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772078.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772078.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772078.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772078.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057772078.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3792584`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C27,C7
`Chr7:3792621`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C1
`Chr7:3792621`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C1
`Chr7:3792637`	`T`	`TTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	51	A18,A21,A25,A3,B10,B110,B117,B127,B129,B140,B25,B42,B43,B45,B47,B50,B57,B58,B6,B62,B70,B71,B72,B75,B83,B95,C10,C12,C14,C21,C22,C26,C28,C30,C39,C42,C47,C54,C55,C59,C60,C67,C70,C79,C82,C86,D1,D3,D4,D6,D9
`Chr7:3792648`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	51	A18,A21,A25,A3,B10,B110,B117,B127,B129,B140,B25,B42,B43,B45,B47,B50,B57,B58,B6,B62,B70,B71,B72,B75,B83,B95,C10,C12,C14,C21,C22,C26,C28,C30,C39,C42,C47,C54,C55,C59,C60,C67,C70,C79,C82,C86,D1,D3,D4,D6,D9
`Chr7:3792726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B100,B104,B97,C38
`Chr7:3792734`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B100,B97,C38
`Chr7:3792738`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	38	A1,A11,A13,A14,B107,B112,B113,B114,B115,B117,B135,B16,B17,B22,B24,B28,B4,B41,B60,B73,B79,B9,B93,C20,C35,C47,C48,C57,C59,C6,C61,C63,C73,C74,C76,C78,C86,D8
`Chr7:3792767`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B18
`Chr7:3792794`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B117,B121,B18,B69,C1,C12,C41,C47
`Chr7:3792796`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	8	B117,B121,B18,B69,C1,C12,C41,C47
`Chr7:3793008`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772078.1

470 aa

235

470

LRR_At5g56370

PF24758 LRR_At5g56370 138-274 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772078.1`	Pfam	`PF24758`	LRR_At5g56370	Repeat	138	274	2.5e-12	47.7	FBD-associated F-box protein At5g56370, LRR repeats

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916095.1
TCTTTTCAAGGATTTACTTTTGAAATCGTCTGTATTTTCACCCTTTGTGGGTTTTCTCTTCATTTCATGAGATTTCAGAAAAAAAAAAAAAAAATCAAGTACTTCATTTCCGTGTTCCTTTGGAGAGTGAAGTCCTTTTCTCTCTCCTTCCTCACAATGGCTTCCTCGCACTTTCCACGGCTTCATCTCTCCGAACGCAACGATGTTTCCGACAGCTACGATCGACTGAGTGAGTTACCCGATTCCTTATTACTTTTGAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991730
ATGAGATTTCAGAAAAAAAAAAAAAAAATCAAGTACTTCATTTCCGTGTTCCTTTGGAGAGTGAAGTCCTTTTCTCTCTCCTTCCTCACAATGGCTTCCTCGCACTTTCCACGGCTTCATCTCTCCGAACGCAACGATGTTTCCGACAGCTACGATCGACTGAGTGAGTTACCCGATTCCTTATTACTTTTGATTCTTTCGTTTTTGTTTTCGACGAGATTTGCTGTTAGGACAACCATTCTCTCCAAACGCTGGAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772078.1
MRFQKKKKKIKYFISVFLWRVKSFSLSFLTMASSHFPRLHLSERNDVSDSYDRLSELPDSLLLLILSFLFSTRFAVRTTILSKRWKDLWTTVPCLHFDDENPEFIYGVIAQWRGAKIQRFYLSLSDEVPLPPTSSDIESWLLFAAEKQVEELHVYLGFDMPSCCPPQSLFSCSSITTLHLEDCSFKIEGSVQLNQLVTLSVFYILDSSWVEAINKILSGTPRLENMSLTAVATDGNFNILSSSLKTLIIEDAKIKGVLTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器