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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000555

染色体: Chr07 坐标: 3823636-3831582 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000555
名称SmilChr07G000555
描述uncharacterized SmilChr07G000555
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向3823636 - 3831582 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991736
GeneID130991736
locus_tag-
NCBI NameLOC130991736
原始查询LOC130991736

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0610000; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os04g0610000; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT1G40087 (AT1G40087)
Plant transposase (Ptta/En/Spm family) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840721]
identity=25.7; qcov=0.255; evalue=3.35e-17; confidence=weak
RiceOs04g0610000
-
identity=37.5; qcov=0.242; evalue=2.31e-39; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF03004 (Transposase_24); PF03017 (Transposase_23)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991736

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772089.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057772089.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772089.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772089.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772089.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:3824420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr7:3824470 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,C24,C28,C61
Chr7:3824504 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A23,D8
Chr7:3824666 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,C24,C28,C61
Chr7:3824775 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,A18,B126
Chr7:3824825 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 2 A7,D3
Chr7:3824825 T TG 1bp_insertion CDS_variant 2 A7,D3
Chr7:3825562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr7:3825595 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A19,C72,D11
Chr7:3825605 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B16,B26,B87
Chr7:3825799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B88,C27
Chr7:3825861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B70,C24,C28,C61

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772089.1
993 aa
N
1
496
993
Transposase_24
Transposase_23
C
PF03004 Transposase_24 701-827 aa PF03017 Transposase_23 912-975 aa
XP_057772090.1
992 aa
N
1
496
992
Transposase_24
Transposase_23
C
PF03004 Transposase_24 700-826 aa PF03017 Transposase_23 911-974 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772089.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 701 827 1.5e-21 77.7 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)
XP_057772089.1 Pfam PF03017 Transposase_23 Domain 912 975 4.9e-07 30.2 TNP1/EN/SPM transposase
XP_057772090.1 Pfam PF03004 Transposase_24 Family 700 826 1.5e-21 77.7 Plant transposase (Ptta/En/Spm family)
XP_057772090.1 Pfam PF03017 Transposase_23 Domain 911 974 4.9e-07 30.2 TNP1/EN/SPM transposase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916106.1
CTTGAGGAATGCGACGTCGTTCCACTCTTTTCTGATGAAATACTGCCTTTGCACTTATACGGCGTCGTCGGTCTCTTTCTCTGTGTTGCTTAACTTGCTTTTTCGCTCAATACGACGCCGTTTCGCTTTGGCGGACGAAATACTCTGTCGTGCAATCGATCGCTCCAAAATCCGAACTTTATACGGCGTCGCCTTCTCTCTCTCCTTCTCTCTGTGGGTTGCTCTCTTCAACTTTGAGGAGCCAATAAATCTAAACAAAA...
XM_057916107.1
AATGCGACGTCGTTCCACTCTTTTCTGATGAAATACTGCCTTTGCACTTATACGGCGTCGTCGGTCTCTTTCTCTGTGTTGCTTAACTTGCTTTTTCGCTCAATACGACGCCGTTTCGCTTTGGCGGACGAAATACTCTGTCGTGCAATCGATCGCTCCAAAATCCGAACTTTATACGGCGTCGCCTTCTCTCTCTCCTTCTCTCTGTGGGTTGCTCTCTTCAACTTTGAGGAGCCAATAAATCTAAACAAAACAAGCTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991736
ATGGCACCCAGGACTCGGAAACCAGTAGCGAAAAGAAGACCAAGTCAAGTATCACGAGATGGGGGTGGAATGGAGGAACATGGGCAACTACAAAACGAACAAGAACCAGAAATGGAAGTCAGGCAACAACCAATTCAAAAGCAAGTAATGGCTCGTAGTACTCGAAGTGCAACTGCCAGTCGTACTGCCCGGTCTGGGATTCTAGATAAGCTGCAAATGATGGAGAATCAGCAACAACTGCAGCCACAAGTCTTTCCAAA...
LOC130991736
ATGGCACCCAGGACTCGGAAACCAGTAGCGAAAAGAAGACCAAGTCAAGTATCACGAGATGGGGGTGGAATGGAGGAACATGGGCAACTACAAAACGAACAAGAACCAGAAATGGAAGTCAGGCAACAACCAATTCAAAAGCAAGTAATGGCTCGTAGTACTCGAAGTGCAACTGCCAGTCGTACTGCCCGGTCTGGGATTCTAGATAAGCTGCAAATGATGGAGAATCAGCAACAACTGCAGCCACAAGTCTTTCCAAA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772089.1
MAPRTRKPVAKRRPSQVSRDGGGMEEHGQLQNEQEPEMEVRQQPIQKQVMARSTRSATASRTARSGILDKLQMMENQQQLQPQVFPKVTGPRTRRATGNQSGYRGLEEMDQMDGDGEHQNEELEIQTIQQTNGRQVMAPRSQRSAVNRRPNPGYLEEDEMEEHEQQENEQHTNLEVTDALKNALQILLASGSRRENTNQNSHSPFQDNHQRQENGQWKNRRQMQPPISQQASVMTPTTKKATGSHLGYHRLRDENQMEGD...
XP_057772090.1
MAPRTRKPVAKRRPSQVSRDGGGMEEHGQLQNEQEPEMEVRQQPIQKQVMARSTRSATASRTARSGILDKLQMMENQQQLQPQVFPKVTGPRTRRATGNQSGYRGLEEMDQMDGDGEHQNEELEIQTIQQTNGRQVMAPRSQRSAVNRRPNPGYLEEDEMEEHEQQENEQHTNLEVTDALKNALQILLASGSRRENTNQNSHSPFQDNHQRQENGQWKNRRQMQPPISQQASVMTPTTKKATGSHLGYHRLRDENQMEGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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