Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000558`

染色体: Chr07 坐标: 3846599-3851392 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000558`
名称	SmilChr07G000558
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	3846599 - 3851392 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991738`
GeneID	`130991738`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991738`
原始查询	`LOC130991738`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=28.7; qcov=0.97; evalue=2.29e-76; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=27.6; qcov=0.963; evalue=4.7e-75; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057772094.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057772094.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772094.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772094.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772094.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:3846750`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:3846751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr7:3846800`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B70,C24,C28,C61
`Chr7:3846876`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D5
`Chr7:3846942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B55,B93
`Chr7:3847079`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C86
`Chr7:3847134`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B55,B93,C84
`Chr7:3847180`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr7:3847291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,C72,C74,C84,C86
`Chr7:3847341`	`CTG`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	B120,B31,C45,C52,C75,D3
`Chr7:3847525`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	14	A15,A24,A8,B108,B114,B22,B4,B88,C3,C32,C36,C68,C77,D2
`Chr7:3847632`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B124

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772094.1

854 aa

427

854

NB-ARC

WHD_DRP

PF00931 NB-ARC 149-322 aa PF23559 WHD_DRP 406-469 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772094.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	149	322	3e-41	141.6	NB-ARC domain
`XP_057772094.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	406	469	1.9e-11	44.5	Disease resistance protein Winged helix domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916111.1
ATACGGCATTCATGATCTGATGAGGGATTTATGCTTGAAGAAAGCAGAACATGAAAGATTTGTGCATGTTAAGAACAAGCTAGTTGGAAAGGTCGAGAAAGATTCAGTGTACAGCCTACGCCGTGTGAGTGTGCATCCGTCTTATCGCATCAGAGATGTGTATGCTTCGGAAGAGTTGATGTCGTTTGCCCGTTCTTTTCTTTGCACTTGTGTTGCATCACGTGATGTTCTATCTTCTGTGTTTTTTGGTCTGAGAATGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991738
ATGGTAACGATGAGCTTCAACTTCGTATGTGATGCCGATTTGTGCAAGGAAATCCTGAAACCTGATCAAGAGCGATGGGATTTTGATGACGTTCAACCACAACTAATATCCCTCCTAGAAATAGCAACTTCTTTGAAACAGATTCTTGAAAAATCTGTTGTGCCAAGTGGCCCCAAAAGGGAAAGATTAGAGAGTCAAATCCAAGATGCAGCACATGAAGCAGAGGACATCATTGAATCCCACATGGTCAATCAGGTGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772094.1
MVTMSFNFVCDADLCKEILKPDQERWDFDDVQPQLISLLEIATSLKQILEKSVVPSGPKRERLESQIQDAAHEAEDIIESHMVNQVMSESSSFTIYPPDLEQVIQQLHSVMSFVNGIQISTTSSSVAAAAAAVAASFSPAKNTVVGLDQDLMELMDRLRGQESKLEIIPILGMGGIGKTTLARTLYDDQSIASHFDICAWTTISQEYKVRAILLGLLTCINKELITPDLLKQEDNELKDVIYKSLYGRRYLIVLDDMWGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器