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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000592`

染色体: Chr07 坐标: 4032483-4038505 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000592`
名称	SmilChr07G000592
描述	putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	4032483 - 4038505 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991758`
GeneID	`130991758`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991758`
原始查询	`LOC130991758`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
产物	putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
Arabidopsis	`AT3G06880` (AT3G06880) Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819873] identity=42.4; qcov=1.02; evalue=0; confidence=medium
Rice	`Os05g0363500` - identity=44.3; qcov=0.715; evalue=0; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00400 (WD40); PF23568 (ARM_LIN); PF23628 (ARM_LIN_C); PF23654 (ARM_LIN_2nd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991758

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.60000	`XP_057772122.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057772122.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057772122.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772122.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772122.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:4032889`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B28,B80,B87,D6
`Chr7:4033019`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C1
`Chr7:4033135`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C71
`Chr7:4033405`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B55,B93,C2
`Chr7:4033411`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr7:4033412`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B8
`Chr7:4033412`	`ACT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B8
`Chr7:4033447`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B110
`Chr7:4033873`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr7:4033874`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,B122
`Chr7:4033900`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B123,B14,B85,C58
`Chr7:4033901`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772122.1

1242 aa

621

1242

ARM_LIN

ARM_LIN_2nd

ARM_LIN_C

WD40

PF23568 ARM_LIN 25-168 aa PF23654 ARM_LIN_2nd 417-580 aa PF23628 ARM_LIN_C 582-936 aa PF00400 WD40 1001-1032 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772122.1`	Pfam	`PF23568`	ARM_LIN	Repeat	25	168	9.5e-16	58.5	E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
`XP_057772122.1`	Pfam	`PF23654`	ARM_LIN_2nd	Repeat	417	580	1.2e-40	139.5	E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
`XP_057772122.1`	Pfam	`PF23628`	ARM_LIN_C	Repeat	582	936	1.6e-52	179.5	Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain
`XP_057772122.1`	Pfam	`PF00400`	WD40	Repeat	1001	1032	4.2e-09	37.2	WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916139.1
ACACTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCCCTCCCCTTCCTTTAATGGAAGCAACAACCGTAACTTTGTCAGTAGCAATCTCTATGAATGTTCGTAAAAGACCACCTAAAATGGAGTTTGGAGTTGTCTATATTCGTCACGAGCTGCTGCAAAATTATCACTCACAAACACACATATAAATACCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGATTATCTTCACCATATCTCCACCTTCATGACCTCAAAATGCCATCAAACCCGACCTCCTCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991758
ATGCCATCAAACCCGACCTCCTCCTCCTCAGCCGCCCAAAACCCCGACATCGCCGCCGCGCGCGACATCGCCGCCGTAATCCACCGCCACATGCACGCCATCCTCGCCGAGAAATCCCTAAAACGGAAATGCCTCTCCAAGCTCAAGATTCAATCCCAGCAATTCTTCGAATTCTCCGACCACTCCGTCCTCTCGAACCTCTACTGGGGCGTCGAGAACGCCGCCGAGGCCGCCGCGCTGCTCGGCTCTCTCTCCGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772122.1
MPSNPTSSSSAAQNPDIAAARDIAAVIHRHMHAILAEKSLKRKCLSKLKIQSQQFFEFSDHSVLSNLYWGVENAAEAAALLGSLSADERESRLDASEKMLQIPASLDGGGATLGIPNDRLVCSSYLCLAAVEFLRGNEWRAAAHFLQAVSICPGIVRRDFAPGIWREVAPLFVRRGVRESLGLSAPLDEFDDGMIDDAMRWMAGRYKPWLMYYQIMSAGDSCRSDAVSTPLSGVQNLYEQRNGVRTNPNRPITRQESIVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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