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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000736`

染色体: Chr07 坐标: 5119408-5130553 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000736`
名称	SmilChr07G000736
描述	DNA mismatch repair protein MSH1, mitochondrial
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	5119408 - 5130553 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991760`
GeneID	`130991760`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991760`
原始查询	`LOC130991760`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DNA mismatch repair protein MSH1, mitochondrial
产物	DNA mismatch repair protein MSH1%2C mitochondrial
Arabidopsis	`AT3G24320` (MSH1) MUTL protein homolog 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822021] identity=68.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0507000` - identity=64.2; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006298 (mismatch repair); GO:0030983 (mismatched DNA binding); GO:0140664 (ATP-dependent DNA damage sensor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00488 (MutS_V); PF01541 (GIY-YIG); PF01624 (MutS_I)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991760

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057772124.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057772125.1`
3	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057772125.1`
4	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057772124.1`
5	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057772125.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:5119465`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr7:5119468`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	22	A19,A8,B1,B100,B105,B108,B113,B127,B15,B27,B3,B47,B50,B51,B59,B77,C20,C25,C29,C77,D6,D9
`Chr7:5119477`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	B57,B91,C32,C68,D4
`Chr7:5119477`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	5	B57,B91,C32,C68,D4
`Chr7:5119491`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	91	A1,A24,A25,A4,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B102,B104,B105,B107,B109,B111,B112,B115,B12,B125,B126,B127,B129,B133,B140,B17,B19,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B29,B31,B32,B37,B40,B44,B46,B48,B52,B57,B6,B60,B65,B68,B71,B77,B81,B84,B85,B89,B91,C11,C14,C15,C26,C3,C30,C32,C42,C44,C46,C52,C53,C54,C55,C58,C6,C60,C62,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C79,C81,C83,C87,D1,D11,D2,D3,D5
`Chr7:5119511`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	16	A11,A23,B18,B23,B41,B42,B43,B63,B81,B83,B97,C1,C10,C42,C54,C56
`Chr7:5120206`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C77
`Chr7:5121259`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr7:5124142`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B120,B19,C52,C75
`Chr7:5126822`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C32,C68
`Chr7:5126849`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,D10,D11
`Chr7:5126948`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772124.1

1165 aa

582

1165

MutS_I

MutS_V

GIY-YIG

PF01624 MutS_I 168-259 aa PF00488 MutS_V 803-985 aa PF01541 GIY-YIG 1075-1109 aa

XP_057772125.1

881 aa

440

881

MutS_V

GIY-YIG

PF00488 MutS_V 519-701 aa PF01541 GIY-YIG 791-825 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772124.1`	Pfam	`PF01624`	MutS_I	Domain	168	259	1.6e-10	41.9	MutS domain I
`XP_057772124.1`	Pfam	`PF00488`	MutS_V	Domain	803	985	4.3e-40	138.4	MutS domain V
`XP_057772124.1`	Pfam	`PF01541`	GIY-YIG	Domain	1075	1109	7.6e-06	26.9	GIY-YIG catalytic domain
`XP_057772125.1`	Pfam	`PF00488`	MutS_V	Domain	519	701	2.7e-40	139.1	MutS domain V
`XP_057772125.1`	Pfam	`PF01541`	GIY-YIG	Domain	791	825	5.2e-06	27.4	GIY-YIG catalytic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916141.1
AAAAAAGTGAGAGTAAGTAGTCATACAGTTCCTTTGTGAATTAATGCCCGAAACCCACATTCCATCTTCCAAAACCAGCTGCAGATTTTTTTGTTATTCCAGGCTTTTCAGTTTCTTCGTGGCGGGAAAATCAGCTGCTGCTCTTCCACAATCCCACGCGGCTGCAGCCATGTACTGGCTTACAGCAAGAAACGCCGTCGTTCTCGTTTACCGCTGCCGCTCTCTATCCTTCCTTCTCAGCCCCTCTATCCACCGCCCTT...

XM_057916142.1
ATATTATCTGGTGGAAGGAGAGATTGGAATTGTGCAGAAAGCCTTCTTCTGTTCTACTGGTTAAGAGGCTAGCATTTACTAATTTATTGGGTGTTGATAGTACCTTAAAGAATGGAAGGTCGGAGATTTTTATGAGGCTATTGGTATTGATGCTTGCATCTTAGTAGAATATGCTGGGTTGAATCCTTTTGGTGGTTTACGTTCAGACAGCATACCTAGGGCTGGTTGCCCCGTGGTGAATTTACGACAGACACTGGATG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130991760
ATGCCCGAAACCCACATTCCATCTTCCAAAACCAGCTGCAGATTTTTTTGTTATTCCAGGCTTTTCAGTTTCTTCGTGGCGGGAAAATCAGCTGCTGCTCTTCCACAATCCCACGCGGCTGCAGCCATGTACTGGCTTACAGCAAGAAACGCCGTCGTTCTCGTTTACCGCTGCCGCTCTCTATCCTTCCTTCTCAGCCCCTCTATCCACCGCCCTTTCCTCCCCTCCGGTTCTCCTCATCATACTGGACAGCACAGTCG...

LOC130991760
ATGCCTGTAGTAGGGATATCTCGCTCGGCTAAGGGGTATTGTATAGTTTCGGTGCTTGAGACAATGAAGACTTATTCTGCTGAGGATAATCTGACAGAAGAAGCATTGGTTGCCAAACTTCGTACTTGTCGGTGCCATCATTTGTTCCTCCACACATCATTGAGGAACAATTCTTCAGGTACTTGTCGCTGGGGAGAATTTGGTGAAGGTGGACTTTTATGGGGAGAATGTAATGCTAGACAATTTGAATGGTTTGCTGG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057772124.1
MPETHIPSSKTSCRFFCYSRLFSFFVAGKSAAALPQSHAAAAMYWLTARNAVVLVYRCRSLSFLLSPSIHRPFLPSGSPHHTGQHSRIFCFKERKLYTKTSKKLKQSKISLEDKDYAHIIWWKERLELCRKPSSVLLVKRLAFTNLLGVDSTLKNGSLKEGNLNCEMLQFKSKFPREVLLCRVGDFYEAIGIDACILVEYAGLNPFGGLRSDSIPRAGCPVVNLRQTLDDLTRHGFSVCIVEEVQGPTHARTRKSRFISG...

XP_057772125.1
MPVVGISRSAKGYCIVSVLETMKTYSAEDNLTEEALVAKLRTCRCHHLFLHTSLRNNSSGTCRWGEFGEGGLLWGECNARQFEWFAGDPVNELIYKVKEIYGLEDDITFRNVTVAPENRPSSLYLGTATQIGAIPTEGIPCLLKVLLPSSCVGLPIMYIRDLLLNPPAYEIASKIQEACKLMSNITCSIPEFTCVPSAKLVKLLELRETNHIEFCKIKSVLDDTIQLYTNSELREILMLLMNPTSVATGLKVELETLVSE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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