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同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000710

染色体: Chr07 坐标: 4942737-4948608 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000710
名称SmilChr07G000710
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4942737 - 4948608 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991769
GeneID130991769
locus_tag-
NCBI NameLOC130991769
原始查询LOC130991769

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物putative late blight resistance protein homolog R1A-10
ArabidopsisAT5G48620 (AT5G48620)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834919]
identity=27.64; qcov=0.96; evalue=6.71e-87; confidence=low
RiceOs10g0183000 (OsLSR)
-
identity=26.43; qcov=0.96; evalue=2.25e-69; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF18052 (Rx_N); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991769

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五折投票；当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选，投票比例不是校准概率，也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签，应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核，原始投票全部一致。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772140.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057772142.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4942871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,B51
Chr7:4942914 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B40,B51,B93
Chr7:4942917 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 3 B140,C43,C65
Chr7:4942917 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 3 B140,C43,C65
Chr7:4942962 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:4943054 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B114,B33,B51,B93
Chr7:4945729 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 5 A4,B127,C15,C26,C79
Chr7:4945729 AG A 1bp_deletion CDS_variant 5 A4,B127,C15,C26,C79
Chr7:4945808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,B79,C15,D1
Chr7:4945827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr7:4945842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C20
Chr7:4945843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772140.1
894 aa
N
1
447
894
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-93 aa PF00931 NB-ARC 169-336 aa PF23559 WHD_DRP 430-500 aa PF23598 LRR_14 566-867 aa
XP_057772141.1
894 aa
N
1
447
894
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-93 aa PF00931 NB-ARC 169-336 aa PF23559 WHD_DRP 430-500 aa PF23598 LRR_14 566-867 aa
XP_057772142.1
872 aa
N
1
436
872
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-92 aa PF00931 NB-ARC 147-314 aa PF23559 WHD_DRP 408-478 aa PF23598 LRR_14 544-845 aa
XP_057772143.1
872 aa
N
1
436
872
Rx_N
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF18052 Rx_N 5-92 aa PF00931 NB-ARC 147-314 aa PF23559 WHD_DRP 408-478 aa PF23598 LRR_14 544-845 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772140.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 93 7.7e-16 58.7 Rx N-terminal domain
XP_057772140.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 169 336 3.4e-42 144.7 NB-ARC domain
XP_057772140.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 430 500 1.8e-21 76.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057772140.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 566 867 1.1e-15 58.0 Leucine-rich repeat region
XP_057772141.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 93 7.7e-16 58.7 Rx N-terminal domain
XP_057772141.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 169 336 3.4e-42 144.7 NB-ARC domain
XP_057772141.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 430 500 1.8e-21 76.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057772141.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 566 867 1.1e-15 58.0 Leucine-rich repeat region
XP_057772142.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 92 7.7e-16 58.7 Rx N-terminal domain
XP_057772142.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 147 314 3.2e-42 144.8 NB-ARC domain
XP_057772142.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 408 478 1.8e-21 76.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057772142.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 544 845 1.1e-15 58.1 Leucine-rich repeat region
XP_057772143.1 Pfam PF18052 Rx_N Domain 5 92 7.7e-16 58.7 Rx N-terminal domain
XP_057772143.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 147 314 3.2e-42 144.8 NB-ARC domain
XP_057772143.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 408 478 1.8e-21 76.7 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057772143.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 544 845 1.1e-15 58.1 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916160.1
TATATAAACCATATCACACAATGCATTACAGTTGATTAGCTGGGCTGCGTCTCTCTCGAGAAGGAGAAAAGCCCAACATTTTGAAGTCAGCGCAAGACTAATAATTGCAAATACAGAAATCAAGAGAGAGATGGCGGATGCAGCAATTGAGTTCCTGCTTGAAAACATTAAGGAGATCATGCAATACCACGCCAATTCAATCATAGGTGCGAAGCGCGAAATCGAGAATCTGGAGAGCGATCTCCGCTTCTTCAGAGAAT...
XM_057916159.1
TATATAAACCATATCACACAATGCATTACAGTTGATTAGCTGGGCTGCGTCTCTCTCGAGAAGGAGAAAAGCCCAACATTTTGAAGTCAGCGCAAGACTAATAATTGCAAATACAGAAATCAAGAGAGAGATGGCGGATGCAGCAATTGAGTTCCTGCTTGAAAACATTAAGGAGATCATGCAATACCACGCCAATTCAATCATAGGTGCGAAGCGCGAAATCGAGAATCTGGAGAGCGATCTCCGCTTCTTCAGAGAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772140.1_35288
ATGGCGGATGCAGCAATTGAGTTCCTGCTTGAAAACATTAAGGAGATCATGCAATACCACGCCAATTCAATCATAGGTGCGAAGCGCGAAATCGAGAATCTGGAGAGCGATCTCCGCTTCTTCAGAGAATTTCTGAGGGACAGAGTGAAGAAGCGGAGAAAGGATGAGTTTATGAAGGTGGTGGTGAGGGAGATTCAAGATCTTGTTTATGAGTCCGAAGATATCATTGACGTCTTTATTACCAACGGCGTCCACCAAAA...
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772141.1_35289
ATGGCGGATGCAGCAATTGAGTTCCTGCTTGAAAACATTAAGGAGATCATGCAATACCACGCCAATTCAATCATAGGTGCGAAGCGCGAAATCGAGAATCTGGAGAGCGATCTCCGCTTCTTCAGAGAATTTCTGAGGGACAGAGTGAAGAAGCGGAGAAAGGATGAGTTTATGAAGGTGGTGGTGAGGGAGATTCAAGATCTTGTTTATGAGTCCGAAGATATCATTGACGTCTTTATTACCAACGGCGTCCACCAAAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057772140.1
MADAAIEFLLENIKEIMQYHANSIIGAKREIENLESDLRFFREFLRDRVKKRRKDEFMKVVVREIQDLVYESEDIIDVFITNGVHQKSTKSSSSIDLHAIDKRVKGIKQKIELRWPHSDILSFDCADNREKPESSNFSNFFEYSLDFCPGKLLKQPRPPRMKNVVGFKDVTEDLIRRLTQETNYFDVISVIGMFGLGKTTLACKVYNDLEIQCFFPIRIWLSISQDFSARDIFLDILKQLTTISDHILAKNDHELAYMVA...
XP_057772141.1
MADAAIEFLLENIKEIMQYHANSIIGAKREIENLESDLRFFREFLRDRVKKRRKDEFMKVVVREIQDLVYESEDIIDVFITNGVHQKSTKSSSSIDLHAIDKRVKGIKQKIELRWPHSDILSFDCADNREKPESSNFSNFFEYSLDFCPGKLLKQPRPPRMKNVVGFKDVTEDLIRRLTQETNYFDVISVIGMFGLGKTTLACKVYNDLEIQCFFPIRIWLSISQDFSARDIFLDILKQLTTISDHILAKNDHELAYMVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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