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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000639

染色体: Chr07 坐标: 4303271-4307465 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000639
名称SmilChr07G000639
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4303271 - 4307465 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991779
GeneID130991779
locus_tag-
NCBI NameLOC130991779
原始查询LOC130991779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative late blight resistance protein homolog R1A-10
产物putative late blight resistance protein homolog R1A-10
ArabidopsisAT5G35450 (AT5G35450)
Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508]
identity=27.8; qcov=1.05; evalue=8.43e-77; confidence=low
RiceOs07g0186500
-
identity=31.2; qcov=0.952; evalue=6.6e-86; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057772155.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057772155.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057772155.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772155.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772155.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4304782 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B124,B17,C19,C67
Chr7:4304830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr7:4304831 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B68,B89,C72
Chr7:4304838 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr7:4304842 AAT A 2bp_deletion frameshift_variant 3 A3,B68,B89
Chr7:4304842 AAT A 2bp_deletion CDS_variant 3 A3,B68,B89
Chr7:4304845 C CCT 2bp_insertion frameshift_variant 3 A3,B68,B89
Chr7:4304845 C CCT 2bp_insertion CDS_variant 3 A3,B68,B89
Chr7:4304886 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B123,C35
Chr7:4304890 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B71,B91,C33,D1
Chr7:4304934 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A14
Chr7:4304959 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772155.1
839 aa
N
1
420
839
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 146-318 aa PF23559 WHD_DRP 401-470 aa PF23598 LRR_14 536-820 aa
XP_057772156.1
839 aa
N
1
420
839
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 146-318 aa PF23559 WHD_DRP 401-470 aa PF23598 LRR_14 536-820 aa
XP_057772157.1
839 aa
N
1
420
839
NB-ARC
WHD_DRP
LRR_14
C
PF00931 NB-ARC 146-318 aa PF23559 WHD_DRP 401-470 aa PF23598 LRR_14 536-820 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772155.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 146 318 4.8e-43 147.4 NB-ARC domain
XP_057772155.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 401 470 9.2e-22 77.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057772155.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 536 820 3.4e-14 53.1 Leucine-rich repeat region
XP_057772156.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 146 318 4.8e-43 147.4 NB-ARC domain
XP_057772156.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 401 470 9.2e-22 77.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057772156.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 536 820 3.4e-14 53.1 Leucine-rich repeat region
XP_057772157.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 146 318 4.8e-43 147.4 NB-ARC domain
XP_057772157.1 Pfam PF23559 WHD_DRP Domain 401 470 9.2e-22 77.6 Disease resistance protein Winged helix domain
XP_057772157.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 536 820 3.4e-14 53.1 Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916174.1
ATTTCAAACTTGTGCTAATTAACTATCATATCCAATTACCAATAGATGAATAATCTATTAGCAAGTTCCTTTGTCTCTTTCCCTATCCTTTTCAAATTATACATACTTTGTGAAGTGTTTAGTGGAGATTGTATTATTCTTGTGAGTGCTGCAAGTTTTCATGTGTTTTGCGAGCTAGGTAAGATCGATCAGCTAAATGGCTTACAATCTTCAACCACTTATCACCATCCTTCAACAAATCTTGAATCCTGAACAAACTC...
XM_057916172.1
CAATAGATGAATAATCTATTAGCAAGTTCCTTTGTCTCTTTCCCTATCCTTTTCAAATTATACATACTTTGTGAAGTGTTTAGTGGAGATTGTATTATTCTTGTGAGTGCTGCAAGTTTTCATGTGTTTTGCGAGCTAGGTAAGATCGATCAGCTAAATGGCTTACAATCTTCAACCACTTATCACCATCCTTCAACAAATCTTGAATCCTGAACAAACTCGTTGGGTTGTTGATCACAACCAACCACAACTCCAATCCC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130991779
ATGGCTTACAATCTTCAACCACTTATCACCATCCTTCAACAAATCTTGAATCCTGAACAAACTCGTTGGGTTGTTGATCACAACCAACCACAACTCCAATCCCTCCTCAAAAAAGCTGCTTCTCTGCAGCAGATTCTTGAAAAATCTTCACTCCCCAAAAACATAGAAAGTTTGGAGAAACAAATCAGAGATGCAGCACATCAAGCAGAAGATATCATTGAATCTCAGATGGTTCATCAAATCCTTTCCAGCCCCGAAGG...
LOC130991779
ATGGCTTACAATCTTCAACCACTTATCACCATCCTTCAACAAATCTTGAATCCTGAACAAACTCGTTGGGTTGTTGATCACAACCAACCACAACTCCAATCCCTCCTCAAAAAAGCTGCTTCTCTGCAGCAGATTCTTGAAAAATCTTCACTCCCCAAAAACATAGAAAGTTTGGAGAAACAAATCAGAGATGCAGCACATCAAGCAGAAGATATCATTGAATCTCAGATGGTTCATCAAATCCTTTCCAGCCCCGAAGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057772155.1
MAYNLQPLITILQQILNPEQTRWVVDHNQPQLQSLLKKAASLQQILEKSSLPKNIESLEKQIRDAAHQAEDIIESQMVHQILSSPEGVSFTFSAPDLQQVMQQLDSVMEQVVKLAEEKTMASGSTSSNTSQLQDPSWKSIVVGVDEDLMQLKDRLTGTQSKLEIVPIVGMGGIGKTTLARKLYEDPSIVEHFSYIAWVTISQDYDMRAILLGLIRCIIGKECDQHNEKGSGELKDILYRSLYGRKCMIVLDDIWSTAFWD...
XP_057772156.1
MAYNLQPLITILQQILNPEQTRWVVDHNQPQLQSLLKKAASLQQILEKSSLPKNIESLEKQIRDAAHQAEDIIESQMVHQILSSPEGVSFTFSAPDLQQVMQQLDSVMEQVVKLAEEKTMASGSTSSNTSQLQDPSWKSIVVGVDEDLMQLKDRLTGTQSKLEIVPIVGMGGIGKTTLARKLYEDPSIVEHFSYIAWVTISQDYDMRAILLGLIRCIIGKECDQHNEKGSGELKDILYRSLYGRKCMIVLDDIWSTAFWD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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