Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000599`

染色体: Chr07 坐标: 4091063-4097367 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000599`
名称	SmilChr07G000599
描述	kinesin-like protein KIN-13A
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	4091063 - 4097367 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991780`
GeneID	`130991780`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991780`
原始查询	`LOC130991780`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	kinesin-like protein KIN-13A
产物	kinesin-like protein KIN-13A
Arabidopsis	`AT3G16630` (KINESIN-13A) P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820915] identity=70.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0154700` (SRS3) - identity=66.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003777 (microtubule motor activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0007018 (microtubule-based movement); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG	smil04814 (Motor proteins - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00225 (Kinesin); PF16796 (Microtub_bd)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991780

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057772158.1`
2	Phragmoplast	Phragmoplast	0.60000	`XP_057772158.1`
3	Spindle	Spindle	0.40000	`XP_057772158.1`
4	Spindle pole	Spindle pole	0.40000	`XP_057772158.1`
5	Chromosome	染色体	0.20000	`XP_057772158.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:4092852`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B110,B66
`Chr7:4093479`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr7:4093480`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A4,B111,B46
`Chr7:4093524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr7:4093555`	`GGT`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	3	B57,B89,B91
`Chr7:4094698`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B90
`Chr7:4094747`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B60
`Chr7:4095201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C26,C39
`Chr7:4095228`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr7:4095291`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr7:4095745`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C56
`Chr7:4095829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B112,B137,C14,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772158.1

824 aa

412

824

Microtub_bd

Kinesin

PF16796 Microtub_bd 204-347 aa PF00225 Kinesin 210-540 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772158.1`	Pfam	`PF16796`	Microtub_bd	Domain	204	347	6.3e-13	49.6	Microtubule binding
`XP_057772158.1`	Pfam	`PF00225`	Kinesin	Domain	210	540	1e-96	324.5	Kinesin motor domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916175.1
AATATCCATAAAATGCAATGATGAATAATTTCTCCGCCAACAAAGTAAAAGCAAAACTTGGAAATACACATCAATGTAGATATACATATATACATATAAATAATCATCATATATCTGACGCTCCGTTCCACTCCCTCAAGCAATCTCAGAAATCTGCGGAAAATTTCGCCCAAAATTATTTGTTTTTCTGTTTTTTAATAGAACTCTCAGATCTGCCTGCATTTCATGTTCTATTGATTTTGTTTCAGGATATCAATATA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991780
ATGCGCCACGTTGCTGGCCAGATGCAGCAGAGCAGCGCGGCGGCGGCCACCGCTCTCTATGATAATGCCGGACCAGGGGTGTCCGGCGGAGATGCGGGGGATGCGGTGATGGCGCGGTGGCTGCAGTCTGCTGGATTGCAGCATCTGGCCTCTCCAATGTCGTCCAATGCAGTCGATCACCGCCTGCTCCCTAACCTCCTGATGCAGGGCTACGGACCGCAATCTGCAGAAGAGAGACAGAGGCTCTCCAAATTAATGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772158.1
MRHVAGQMQQSSAAAATALYDNAGPGVSGGDAGDAVMARWLQSAGLQHLASPMSSNAVDHRLLPNLLMQGYGPQSAEERQRLSKLMRNLNFNGETVSEPYTPTPTAQGSGAFTPTEGYYSPEFRGDFGAGLLDLHSMDDTELLSDHVISEPFEPSPFMPAVTKAFETDIVGVANRQQRGPMDAEAPVGPFNEKELSTRENNVAKIKVVVRKRPLNKKELARKEDDVVAVYDDAYLTVHEPKLKVDLTAYVEKHEFCFDAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器