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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000663

染色体: Chr07 坐标: 4477727-4483314 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000663
名称SmilChr07G000663
描述uncharacterized SmilChr07G000663
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4477727 - 4483314 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991790
GeneID130991790
locus_tag-
NCBI NameLOC130991790
原始查询LOC130991790

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839414]; symbol=AT1G04780; hit=AT1G04780; species=arabidopsis; confidence=high
产物Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839414]; symbol=AT1G04780; hit=AT1G04780; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G04780 (AT1G04780)
Ankyrin repeat family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839414]
identity=68.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0436100
-
identity=70.7; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF11904 (ANKRD13_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991790

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057772173.1
2 Golgi apparatus 高尔基体 0.60000 XP_057772173.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057772173.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057772173.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057772173.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4479940 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B52,B98,C55,C63
Chr7:4480048 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C8
Chr7:4480161 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B41,B65,C10,C42
Chr7:4480344 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B132,C7
Chr7:4480373 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B137,B30,C12
Chr7:4480523 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr7:4481081 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B86,C76
Chr7:4481097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,B56,B96
Chr7:4481109 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 A8
Chr7:4481109 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 A8
Chr7:4481450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C7
Chr7:4482599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772173.1
650 aa
N
1
325
650
Ank
ANKRD13_C
C
PF00023 Ank 71-100 aa PF11904 ANKRD13_C 186-626 aa
XP_057772174.1
650 aa
N
1
325
650
Ank
ANKRD13_C
C
PF00023 Ank 71-100 aa PF11904 ANKRD13_C 186-626 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772173.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 71 100 0.00035 21.4 Ankyrin repeat
XP_057772173.1 Pfam PF11904 ANKRD13_C Domain 186 626 9.2e-119 397.5 ANKRD13 C-terminal
XP_057772174.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 71 100 0.00035 21.4 Ankyrin repeat
XP_057772174.1 Pfam PF11904 ANKRD13_C Domain 186 626 9.2e-119 397.5 ANKRD13 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916191.1
TTTTCTTCATTTCCTGTTTAACGCTTTTTAATTAATTCTTTTTCTAACAAACAATGTCGTGATTTTTTTTAAAAATAATGTCATGAATTTGACATTAAAAATTTTATAAAAATCAAATTCGTGCGTGAGGCACGAGTGAAATATTATTTTTATAGTTAAAAAAACTACTTGGCAGATGGCTATGGCATCCACATACATACATAGACATATATATGCATGTACACACCACAACATTCATACACGCACTCTTCCTATAATTC...
XM_057916190.1
ACCACAACATTCATACACGCACTCTTCCTATAATTCCATCCTTTCTGCACAATAAATGAAACCAAATCAAACAAAATCACACCGGATTGTCAGCTATTTCAGTTTTTAGCAAGAATTTTCCTTCAGAAGAGCAATTGCCCCATCTCATTTAACAAAATCTAATTTTCTCTCCCAATTTCTTTGTTAAACCCTCATTTCTCAACTACTGTAGTGGTCCGATCTGACCATAATTTGGTGCTTCCATACAATTACAATACGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991790
ATGTCGGCTGTTGATATATCCAAATATGAACATAGTCCTGTCCATAAGGCCATCATTTTGAAGGATTATGCTGGTCTCAGAAGAATTATTGCAGGTCTTCCCCAACTTGCTGACCCATCTGAGATCCATACAGAATCAGTTTCAATTGCAGAAGAAGCTAAAGCTGAGGCAATAGCTGCTGTAATTGATCGACGTGATGTCCCTAGCCGAGAAACTCCACTTCATTTGGCTGTTAAATATCGTGATGAGACTGCCACAGA...
LOC130991790
ATGTCGGCTGTTGATATATCCAAATATGAACATAGTCCTGTCCATAAGGCCATCATTTTGAAGGATTATGCTGGTCTCAGAAGAATTATTGCAGGTCTTCCCCAACTTGCTGACCCATCTGAGATCCATACAGAATCAGTTTCAATTGCAGAAGAAGCTAAAGCTGAGGCAATAGCTGCTGTAATTGATCGACGTGATGTCCCTAGCCGAGAAACTCCACTTCATTTGGCTGTTAAATATCGTGATGAGACTGCCACAGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772173.1
MSAVDISKYEHSPVHKAIILKDYAGLRRIIAGLPQLADPSEIHTESVSIAEEAKAEAIAAVIDRRDVPSRETPLHLAVKYRDETATEMLMLAGADWSLQNEQGWSALQEAICNREEGIAKIIVRHYQPLAWAKWCRRLPRLIGTMRRMRDFYMEITFHFESSVIPFISRIAPSDTYKIWKRGANLRADMTLAGFDGFRIQRSDQSILFLGDGSEDGQVPPGSLCMISHKDKEVMNALDGAGAPATDAEVQQEVTAMSQTN...
XP_057772174.1
MSAVDISKYEHSPVHKAIILKDYAGLRRIIAGLPQLADPSEIHTESVSIAEEAKAEAIAAVIDRRDVPSRETPLHLAVKYRDETATEMLMLAGADWSLQNEQGWSALQEAICNREEGIAKIIVRHYQPLAWAKWCRRLPRLIGTMRRMRDFYMEITFHFESSVIPFISRIAPSDTYKIWKRGANLRADMTLAGFDGFRIQRSDQSILFLGDGSEDGQVPPGSLCMISHKDKEVMNALDGAGAPATDAEVQQEVTAMSQTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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