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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000734

染色体: Chr07 坐标: 5109239-5114124 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000734
名称SmilChr07G000734
描述glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B, chloroplastic/mitochondrial
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5109239 - 5114124 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991822
GeneID130991822
locus_tag-
NCBI NameLOC130991822
原始查询LOC130991822

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B, chloroplastic/mitochondrial
产物glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase subunit B%2C chloroplastic/mitochondrial
ArabidopsisAT1G48520 (GATB)
GLU-ADT subunit B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841273]
identity=74.9; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0544800 (GATB)
-
identity=73.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0032543 (mitochondrial translation); GO:0050567 (glutaminyl-tRNA synthase (glutamine-hydrolyzing) activity); GO:0070681 (glutaminyl-tRNAGln biosynthesis via transamidation)
KEGGsmil00970 (Aminoacyl-tRNA biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02637 (GatB_Yqey); PF02934 (GatB_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991822

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772209.1
2 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057772209.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772209.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772209.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772209.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5110400 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr7:5110414 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B81
Chr7:5110420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr7:5110502 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B2,C9,D7
Chr7:5110607 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:5110779 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:5111227 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 23 A8,B1,B100,B105,B108,B113,B127,B15,B27,B3,B47,B50,B51,B59,B70,B77,C20,C22,C25,C29,C77,D6,D9
Chr7:5111286 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr7:5111291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A3
Chr7:5111292 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:5111310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr7:5111759 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B72,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772209.1
542 aa
N
1
271
542
GatB_N
GatB_Yqey
C
PF02934 GatB_N 65-352 aa PF02637 GatB_Yqey 392-538 aa
XP_057772211.1
542 aa
N
1
271
542
GatB_N
GatB_Yqey
C
PF02934 GatB_N 65-352 aa PF02637 GatB_Yqey 392-538 aa
XP_057772212.1
542 aa
N
1
271
542
GatB_N
GatB_Yqey
C
PF02934 GatB_N 65-352 aa PF02637 GatB_Yqey 392-538 aa
XP_057772213.1
542 aa
N
1
271
542
GatB_N
GatB_Yqey
C
PF02934 GatB_N 65-352 aa PF02637 GatB_Yqey 392-538 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772209.1 Pfam PF02934 GatB_N Domain 65 352 1.9e-117 392.1 GatB/GatE catalytic domain
XP_057772209.1 Pfam PF02637 GatB_Yqey Domain 392 538 1.9e-52 177.8 GatB domain
XP_057772211.1 Pfam PF02934 GatB_N Domain 65 352 1.9e-117 392.1 GatB/GatE catalytic domain
XP_057772211.1 Pfam PF02637 GatB_Yqey Domain 392 538 1.9e-52 177.8 GatB domain
XP_057772212.1 Pfam PF02934 GatB_N Domain 65 352 1.9e-117 392.1 GatB/GatE catalytic domain
XP_057772212.1 Pfam PF02637 GatB_Yqey Domain 392 538 1.9e-52 177.8 GatB domain
XP_057772213.1 Pfam PF02934 GatB_N Domain 65 352 1.9e-117 392.1 GatB/GatE catalytic domain
XP_057772213.1 Pfam PF02637 GatB_Yqey Domain 392 538 1.9e-52 177.8 GatB domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916226.1
TCCGGCACGACCACATGTGTGGTGCATTTGCCCACTAAATATTTAACAACACTTAGTTATTTTGCGCTTCTTTATCTTCAATTTTAGTGGCAGTGAGAGTGTGCAGACATGCAGTGAGCTAGTCGCCAATCCGTTGTTGAGGTGCATTCTTCATTTGTGATCCGAGGTAGAAGTTTTTGGAGTATATGAAATGGCATTGACATTATTCAGGGGCTTACAATCAAATTGCTGTCGGTTGTACCCTTCAGTTTTTGATGCTA...
XM_057916230.1
AGTTATTTTGCGCTTCTTTATCTTCAATTTTAGTGGCAGTGAGAGTGTGCAGACATGCAGTGAGCTAGTCGCCAATCCGTTGTTGAGGTTTGCCTAAATATTTGTTGCACTCATTCCATCTTGCTTCATCTCTCTCTCCTCGAGTTGAATTCTTGACGGCCCTGATTGATTGGAGACTATTTTAGCCACAGAACAATCCTTCTGAGTATAACAGTCCCAGCACGTTTTTGGTGCATTCTTCATTTGTGATCCGAGGTAGA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130991822
ATGGCATTGACATTATTCAGGGGCTTACAATCAAATTGCTGTCGGTTGTACCCTTCAGTTTTTGATGCTAGAAAGCATGTGAGATATTTCCGCGTGCGAAGCTCACAAGGACAAACTGCAACGCAAGAAAAGCAACAGACTCAATTGAAAGCTTCACCAAAATACGAAGAAGCTTTGAAAAACTACGAGGCGGTCATTGGAATCGAAACACATGTGCAGCTTTCCACCCTCACGAAAGCCTTCTGCAGCTGCCCTTATAA...
LOC130991822
ATGGCATTGACATTATTCAGGGGCTTACAATCAAATTGCTGTCGGTTGTACCCTTCAGTTTTTGATGCTAGAAAGCATGTGAGATATTTCCGCGTGCGAAGCTCACAAGGACAAACTGCAACGCAAGAAAAGCAACAGACTCAATTGAAAGCTTCACCAAAATACGAAGAAGCTTTGAAAAACTACGAGGCGGTCATTGGAATCGAAACACATGTGCAGCTTTCCACCCTCACGAAAGCCTTCTGCAGCTGCCCTTATAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057772209.1
MALTLFRGLQSNCCRLYPSVFDARKHVRYFRVRSSQGQTATQEKQQTQLKASPKYEEALKNYEAVIGIETHVQLSTLTKAFCSCPYNYGDQPNTSVCPVCMGLPGALPVLNSKVIESAVKVGLALNCKLSLSSKFDRKQYFYPDLPKGYQISQFDIPIAAGGYLDVDLPVEFGGGHRKFGVTRVHMEEDAGKLLHTGNGSFSQVDLNRAGVPLLEIVSEPDMRTGTEAAEYAAELQRLVRYLGVSNGNMQEGSLRCDVNI...
XP_057772211.1
MALTLFRGLQSNCCRLYPSVFDARKHVRYFRVRSSQGQTATQEKQQTQLKASPKYEEALKNYEAVIGIETHVQLSTLTKAFCSCPYNYGDQPNTSVCPVCMGLPGALPVLNSKVIESAVKVGLALNCKLSLSSKFDRKQYFYPDLPKGYQISQFDIPIAAGGYLDVDLPVEFGGGHRKFGVTRVHMEEDAGKLLHTGNGSFSQVDLNRAGVPLLEIVSEPDMRTGTEAAEYAAELQRLVRYLGVSNGNMQEGSLRCDVNI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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