当前解析结果
SmilChr07G000717| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000717 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000717 |
| 描述 | probable folate-biopterin transporter 9, chloroplastic |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 4986866 - 4990424 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991829 |
|---|---|
| GeneID | 130991829 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991829 |
| 原始查询 | LOC130991829 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable folate-biopterin transporter 9, chloroplastic |
| 产物 | probable folate-biopterin transporter 9%2C chloroplastic |
| Arabidopsis | AT2G33280 (AT2G33280)Major facilitator superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817891] identity=59.3; qcov=0.835; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os05g0389400- identity=44.5; qcov=0.784; evalue=1.44e-106; confidence=medium |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03092 (BT1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991829 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057772220.1 |
| 2 | Chloroplast | 叶绿体 | 0.60000 | XP_057772220.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772220.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772220.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772220.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:4987257 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr7:4987361 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B57,B91 |
Chr7:4987394 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C37 |
Chr7:4987448 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B3,D6 |
Chr7:4987451 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B136,C77 |
Chr7:4987480 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B49,B79 |
Chr7:4988710 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B129,B49,C72 |
Chr7:4988761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,C2,D6 |
Chr7:4988788 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,D11 |
Chr7:4988807 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C55 |
Chr7:4988929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B21,B99 |
Chr7:4989010 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A19 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772220.1PF03092
BT1 100-519 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772220.1 |
Pfam | PF03092 |
BT1 | Family | 100 | 519 | 4.5e-108 | 362.5 | BT1 family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。