Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000709`

染色体: Chr07 坐标: 4938256-4941411 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000709`
名称	SmilChr07G000709
描述	uncharacterized SmilChr07G000709
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	4938256 - 4941411 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991830`
GeneID	`130991830`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991830`
原始查询	`LOC130991830`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0704400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G15685` (AT5G15685) mutator transposase MUDRA protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28721163] identity=30.2; qcov=0.616; evalue=3.06e-45; confidence=low
Rice	`Os06g0704400` - identity=33.8; qcov=0.71; evalue=8.09e-59; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF00872 (Transposase_mut); PF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991830

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772221.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772221.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772221.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772221.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057772221.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:4938375`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,C41
`Chr7:4938392`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr7:4938479`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B131,C59
`Chr7:4938483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B34,D5
`Chr7:4938485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B10
`Chr7:4938485`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr7:4938487`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A20,C86
`Chr7:4938517`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B38,B39,B5,C17
`Chr7:4938517`	`T`	`TA`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B38,B39,B5,C17
`Chr7:4938521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr7:4938525`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B46,C58
`Chr7:4938530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,A20,B104,B14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772221.1

500 aa

250

500

DBD_Tnp_Mut

MULE

Transposase_mut

PF03108 DBD_Tnp_Mut 189-244 aa PF10551 MULE 386-482 aa PF00872 Transposase_mut 404-485 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772221.1`	Pfam	`PF03108`	DBD_Tnp_Mut	Family	189	244	5.5e-08	33.1	MuDR family transposase
`XP_057772221.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	386	482	2e-15	57.6	MULE transposase domain
`XP_057772221.1`	Pfam	`PF00872`	Transposase_mut	Family	404	485	8.8e-06	25.6	Transposase, Mutator family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916238.1
CAAATTCGTTTTAAATTATTGGGATTTTTGGAAAAGGGATTCAGATACTGCACCATTGGTTTATGATGGGTGGAATGCTATTGAAATTGAAGAATACTTTGAAAAAATGACTCTTGACCGTATATTTGAAGAATTTGCTAAGTGTTATGATAGTAAACCTAGGAGTGTGTATGCTCTAGATGACGATTACACCATTGAAAAGGGTTTAGTGTTGCTTAAGAGTGATGCGCAGTGTAAGAAAGTGTTTGATTATTTTGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991830
ATGACTCTTGACCGTATATTTGAAGAATTTGCTAAGTGTTATGATAGTAAACCTAGGAGTGTGTATGCTCTAGATGACGATTACACCATTGAAAAGGGTTTAGTGTTGCTTAAGAGTGATGCGCAGTGTAAGAAAGTGTTTGATTATTTTGAGTGTCTTGGAGCAGAGGAGATTCAACTATTTGCTGACCATGAAAGAGATCCCCTTCCCCCTGTCACACTTTTACCATTATTTGATGAGAAAAAAGAAGGTGATCAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772221.1
MTLDRIFEEFAKCYDSKPRSVYALDDDYTIEKGLVLLKSDAQCKKVFDYFECLGAEEIQLFADHERDPLPPVTLLPLFDEKKEGDQLENIHDLEIEDEGEAADLGDNELVGQDVGDHGIQVEDDGVCVNEIGSDNEGEEHDHTFADPLGVGSDSDSSTYSDNESESDEDIVNDERMIGSGEQGEQGNFALGMTFAEAKDCREALARYSVTFGYKLKFMKNEPKRVRVVCISEKDCPFILLASMDGDKEGLIIKTLVAEHT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器