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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000665

染色体: Chr07 坐标: 4494827-4500463 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000665
名称SmilChr07G000665
描述uncharacterized SmilChr07G000665
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4494827 - 4500463 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991831
GeneID130991831
locus_tag-
NCBI NameLOC130991831
原始查询LOC130991831

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822006]; symbol=AT3G24200; hit=AT3G24200; species=arabidopsis; confidence=high
产物FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822006]; symbol=AT3G24200; hit=AT3G24200; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G24200 (AT3G24200)
FAD/NAD(P)-binding oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822006]
identity=66.5; qcov=0.933; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0839100
-
identity=62.3; qcov=0.931; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0006744 (ubiquinone biosynthetic process); GO:0008681 (2-octaprenyl-6-methoxyphenol hydroxylase activity); GO:0016120 (carotene biosynthetic process); GO:0016123 (xanthophyll biosynthetic process); GO:0016709 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen); GO:0071949 (FAD binding)
KEGGsmil00130 (Ubiquinone and other terpenoid-quinone biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF01494 (FAD_binding_3); PF08491 (SE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991831

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772222.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057772222.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057772222.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772222.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772222.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4496360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B118,C61
Chr7:4496370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B12,B140,B55,B58
Chr7:4497155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr7:4497688 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr7:4497694 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr7:4497695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,C61
Chr7:4498149 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C8
Chr7:4498151 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B95,C17,C35,C44,C59
Chr7:4498157 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B52,B98,C55,C63
Chr7:4499549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr7:4499732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr7:4499749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B15,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772222.1
497 aa
N
1
248
497
FAD_binding_3
FAD_binding_3
SE
C
PF01494 FAD_binding_3 55-319 aa PF01494 FAD_binding_3 362-440 aa PF08491 SE 371-490 aa
XP_057772223.1
496 aa
N
1
248
496
FAD_binding_3
FAD_binding_3
SE
C
PF01494 FAD_binding_3 54-318 aa PF01494 FAD_binding_3 361-439 aa PF08491 SE 370-489 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772222.1 Pfam PF01494 FAD_binding_3 Domain 55 319 1.4e-21 77.8 FAD binding domain
XP_057772222.1 Pfam PF01494 FAD_binding_3 Domain 362 440 1.4e-21 77.8 FAD binding domain
XP_057772222.1 Pfam PF08491 SE Family 371 490 2e-05 24.5 Squalene epoxidase
XP_057772223.1 Pfam PF01494 FAD_binding_3 Domain 54 318 1.4e-21 77.8 FAD binding domain
XP_057772223.1 Pfam PF01494 FAD_binding_3 Domain 361 439 1.4e-21 77.8 FAD binding domain
XP_057772223.1 Pfam PF08491 SE Family 370 489 2e-05 24.5 Squalene epoxidase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916239.1
GAAGAAAAAAATTAAAACCGACCAAACAGCAACTTACGGGAAAAATTAGAATAGAACAGTGCTCTGCTTCGTGACCTCCGTCCAACGCGCTGCTCTCCTCCGCTCCGCCGACGACGCGCCACCCCCCTCTCCTTCACTCTTCACAAATTTATAGGAAGCAAACACTTTAAAACCCGATTCTGCTTATTCAGAATCTGATTTTAAGCGGCCACAAGCTCTCAAAAACCCTCTTAATCGCCCTACAACTTTTCTTTTTGAAT...
XM_057916240.1
GAAGAAAAAAATTAAAACCGACCAAACAGCAACTTACGGGAAAAATTAGAATAGAACAGTGCTCTGCTTCGTGACCTCCGTCCAACGCGCTGCTCTCCTCCGCTCCGCCGACGACGCGCCACCCCCCTCTCCTTCACTCTTCACAAATTTATAGGAAGCAAACACTTTAAAACCCGATTCTGCTTATTCAGAATCTGATTTTAAGCGGCCACAAGCTCTCAAAAACCCTCTTAATCGCCCTACAACTTTTCTTTTTGAAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991831
ATGATAAGCAGGACAAGTACAAGAGAAGTGGCTTTCCACAGGCATGCCTGGAAATCTGCAAAGAGAACGTTATGTAGTGGTGCAGAAGCCAAGTCTCCTGGTGCATCCATTGAACAAGGAACAGCAGACAAACAAAGATCTGAAAATAATCTTCCGGTGCACGATGTTGCTATTGTTGGAGGTGGCATGGTCGGCATGGCTCTGGCTTGCTCTTTAGCAAAAATGCCATTGACAAACCATCTAAATGTTGCTATCATTGA...
LOC130991831
ATGATAAGGACAAGTACAAGAGAAGTGGCTTTCCACAGGCATGCCTGGAAATCTGCAAAGAGAACGTTATGTAGTGGTGCAGAAGCCAAGTCTCCTGGTGCATCCATTGAACAAGGAACAGCAGACAAACAAAGATCTGAAAATAATCTTCCGGTGCACGATGTTGCTATTGTTGGAGGTGGCATGGTCGGCATGGCTCTGGCTTGCTCTTTAGCAAAAATGCCATTGACAAACCATCTAAATGTTGCTATCATTGATAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772222.1
MISRTSTREVAFHRHAWKSAKRTLCSGAEAKSPGASIEQGTADKQRSENNLPVHDVAIVGGGMVGMALACSLAKMPLTNHLNVAIIDSNPALQSGQSIKKEDPPDPRVSTVTPATKALFKDVGAWKYVEENRHAYFDKMQVWDYTGLGYTRYHARDVNKEVLGCVVENKVLHKSLLSCLQDSGSQHKLYPLRLSSMHLDPASASSSRGSLAKLELSDGNSLYAKLVVGADGSKSRVKELAGISSTGWKYSQNAIICTVEH...
XP_057772223.1
MIRTSTREVAFHRHAWKSAKRTLCSGAEAKSPGASIEQGTADKQRSENNLPVHDVAIVGGGMVGMALACSLAKMPLTNHLNVAIIDSNPALQSGQSIKKEDPPDPRVSTVTPATKALFKDVGAWKYVEENRHAYFDKMQVWDYTGLGYTRYHARDVNKEVLGCVVENKVLHKSLLSCLQDSGSQHKLYPLRLSSMHLDPASASSSRGSLAKLELSDGNSLYAKLVVGADGSKSRVKELAGISSTGWKYSQNAIICTVEHM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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