Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000782

染色体: Chr07 坐标: 5505225-5509187 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000782
名称SmilChr07G000782
描述ACT domain-containing protein ACR9
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5505225 - 5509187 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991849
GeneID130991849
locus_tag-
NCBI NameLOC130991849
原始查询LOC130991849

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ACT domain-containing protein ACR9
产物ACT domain-containing protein ACR9
ArabidopsisAT2G39570 (ACR9)
ACT domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818542]
identity=57.7; qcov=0.995; evalue=3.55e-169; confidence=high
RiceOs05g0113000
-
identity=58.1; qcov=0.915; evalue=1.1e-154; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF24914 (ACR10_N); PF24926 (ACT_ACR9_C); PF24931 (ACT_ACR9_3rd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991849

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772247.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057772247.1
3 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057772247.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772247.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772247.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5506257 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,B127,C26,C6,C79
Chr7:5506301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr7:5506304 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B26,B46,C27,C78
Chr7:5506313 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr7:5506333 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:5506353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr7:5506377 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B136,B4,B82
Chr7:5506411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C63
Chr7:5506591 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A25,A9,B10,B65,D1,D9
Chr7:5507758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B75
Chr7:5507795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B21,B55
Chr7:5507851 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A25,A9,B10,B65,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772247.1
425 aa
N
1
212
425
ACR10_N
ACT_ACR9_3rd
ACT_ACR9_C
C
PF24914 ACR10_N 16-94 aa PF24931 ACT_ACR9_3rd 244-341 aa PF24926 ACT_ACR9_C 342-424 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772247.1 Pfam PF24914 ACR10_N Domain 16 94 1.6e-44 149.9 ACT domain-containing protein ACR10, N-terminal
XP_057772247.1 Pfam PF24931 ACT_ACR9_3rd Domain 244 341 4.8e-59 197.2 ACR9-like, ACT-like domain
XP_057772247.1 Pfam PF24926 ACT_ACR9_C Domain 342 424 2.6e-41 140.1 ACT domain-containing protein ACR9, C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916264.1
AGAGCAAAAAGAAAAGAAAAGGTAGTGGAAGAAAACTCCAGAAGAGGACTCTCTATCCCTCTCCCGCCACTTGTGAGTCTGTAACCACCATAACCACCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTGATTAAGACCTTGTTCGAGAGGTCTCTTTCACTGAAGTGGGGTTTTTGGTCGCCATTTCTGGAAAAACCTGTTTCATGGGCCGAGGCGAGATGGGGATGACCAGCGATGACGTCGTATTGATCGAAAAGGGGAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991849
ATGGGCCGAGGCGAGATGGGGATGACCAGCGATGACGTCGTATTGATCGAAAAGGGGAAGAAAGCCGACGAGCCATACGTAATCACGGTGAATTGTCCTGACAAGACTGGCTTGAGCTGTGACATTTGCCATGCTATTCTCGAATTCGACCTCTATATGACTAGAGGAGATGTTTCCACTGATGGCATATGGTGCTACATAATATTATGGGTGATTCCTCATTCCAGATCACATGTTGTGAGGTGGGGCAATTTGAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772247.1
MGRGEMGMTSDDVVLIEKGKKADEPYVITVNCPDKTGLSCDICHAILEFDLYMTRGDVSTDGIWCYIILWVIPHSRSHVVRWGNLKERLLSICPPLVPSFHLYQPLPRSSSSPIYLLKFCSLDRKGLLNDVTRVLDELNHTIQRVKVSTTPDGCVVDLFFITDNLGLLHTKERQDVLCERLYTVLGESCISCELQLAGSQYDNLQCVSSLSPLVAEELFRFTLSDNESRSQALSLDIKELKKASINTDNSLSPAHTLLQI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器