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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000662

染色体: Chr07 坐标: 4466886-4468607 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000662
名称SmilChr07G000662
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26630, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4466886 - 4468607 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991850
GeneID130991850
locus_tag-
NCBI NameLOC130991850
原始查询LOC130991850

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26630, chloroplastic
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g26630%2C chloroplastic
ArabidopsisAT3G26630 (AT3G26630)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822275]
identity=54.3; qcov=0.933; evalue=1.51e-146; confidence=high
RiceOs05g0439300
-
identity=32.5; qcov=0.9; evalue=3.38e-79; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991850

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057772248.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772248.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772248.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772248.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772248.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4467420 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B63,B86,C12
Chr7:4467459 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,C8
Chr7:4467471 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr7:4467616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B26,B95,B99
Chr7:4467633 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:4467657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,B33,B51,B66,B86
Chr7:4467662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A10,A21,B101,C47,C50
Chr7:4467678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr7:4467693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B66
Chr7:4467738 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B20,C8
Chr7:4467748 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr7:4467766 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B107,B110,C82,D4,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772248.1
420 aa
N
1
210
420
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
C
PF01535 PPR 93-122 aa PF01535 PPR 165-190 aa PF01535 PPR 193-222 aa PF13041 PPR_2 221-267 aa PF13812 PPR_3 222-266 aa PF01535 PPR 224-253 aa PF01535 PPR 297-323 aa PF13041 PPR_2 323-370 aa PF01535 PPR 326-354 aa PF13812 PPR_3 346-405 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772248.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 93 122 5.1e-45 149.3 PPR repeat
XP_057772248.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 165 190 5.1e-45 149.3 PPR repeat
XP_057772248.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 193 222 5.1e-45 149.3 PPR repeat
XP_057772248.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 221 267 3.7e-54 181.3 PPR repeat family
XP_057772248.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 222 266 5e-22 78.5 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057772248.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 253 5.1e-45 149.3 PPR repeat
XP_057772248.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 297 323 5.1e-45 149.3 PPR repeat
XP_057772248.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 323 370 3.7e-54 181.3 PPR repeat family
XP_057772248.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 326 354 5.1e-45 149.3 PPR repeat
XP_057772248.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 346 405 5e-22 78.5 Pentatricopeptide repeat domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916265.1
TTTGAGCACTATTATTTGCATTTTTTTTAACGTGAATTTCTTTTTTCCCACCCATTTCTCACAGCTCATCCCAACTTCTTCACTCTCTCTCTCTCTCTCTAACATCACATTGATTCAATGACCGCATGCAATTCACTGAGCACTCTCGATGTTTTACCGGCAAGAACCTTCCACCCAACGCCGAGGTCAAGTTTCTCTCCTCAAGAAGCCCTCATATTCCTCCAAAAATGCGTCAATTTCAAACAGATTAAGCAAATCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991850
ATGACCGCATGCAATTCACTGAGCACTCTCGATGTTTTACCGGCAAGAACCTTCCACCCAACGCCGAGGTCAAGTTTCTCTCCTCAAGAAGCCCTCATATTCCTCCAAAAATGCGTCAATTTCAAACAGATTAAGCAAATCCACGCCAAAATCATCCACAACACCCTCCACCACGATCAAGTAATCGTCGCCAGATTGATTCGCCTCTGCTCTTCCTACCGGGAGCTCGATTACGCCGCCCTAGTGTTCCAACACGCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772248.1
MTACNSLSTLDVLPARTFHPTPRSSFSPQEALIFLQKCVNFKQIKQIHAKIIHNTLHHDQVIVARLIRLCSSYRELDYAALVFQHADNPSTFVWNLLIRTHTVNDCPHRAIQFYNLMIFRGVSADKFTFPFVMKACLAISSVEKAREVYGAAVKSGFHGDVYLDNVLIDLYMKCGAIDDALKVFHKMRHKSVVSWTTVLAGLVLNGRMDIAQKVFDRMPTRNVVSWTAMINGYVKSGKPETAFELCTAMRRANVSPNEYT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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