当前解析结果
SmilChr07G000793| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000793 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000793 |
| 描述 | probable disease resistance protein RPP1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5600195 - 5602630 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991853 |
|---|---|
| GeneID | 130991853 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991853 |
| 原始查询 | LOC130991853 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable disease resistance protein RPP1 |
| 产物 | probable disease resistance protein RPP1 |
| Arabidopsis | AT3G44480 (RPP1)Disease resistance protein (TIR-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823573] identity=26.6; qcov=0.778; evalue=1.38e-13; confidence=low |
| Rice | Os02g0504200- identity=27.3; qcov=0.993; evalue=2.91e-18; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25019 (LRR_R13L1-DRL21) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991853 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057772250.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057772250.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772250.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772250.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772250.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5600473 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr7:5602586 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B128,B136 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772250.1PF25019
LRR_R13L1-DRL21 6-102 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772250.1 |
Pfam | PF25019 |
LRR_R13L1-DRL21 | Repeat | 6 | 102 | 5.4e-34 | 117.6 | R13L1/DRL21 LRRs |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。