当前解析结果
SmilChr07G000627| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000627 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000627 |
| 描述 | protein SRC2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 4232362 - 4233955 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991863 |
|---|---|
| GeneID | 130991863 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991863 |
| 原始查询 | LOC130991863 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein SRC2-like |
| 产物 | protein SRC2-like |
| Arabidopsis | AT1G09070 (SRC2)soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428] identity=41; qcov=0.976; evalue=1.01e-46; confidence=medium |
| Rice | Os01g0934100- identity=40.7; qcov=1.02; evalue=7.79e-38; confidence=medium |
| GO | GO:0006952 (defense response) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00168 (C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991863 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057772264.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057772264.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057772264.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772264.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772264.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:4232763 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:4232810 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr7:4232815 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A24,B42,B43,C61,C70 |
Chr7:4232842 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr7:4232942 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C33,C46 |
Chr7:4233017 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A8,B108,C14,C29 |
Chr7:4233129 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B32,B48,C5,C78 |
Chr7:4233170 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B110 |
Chr7:4233274 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B45,B79,B83,C27,C59 |
Chr7:4233435 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B57,B91,C14,C29 |
Chr7:4233443 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C26,C39 |
Chr7:4233501 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772264.1PF00168
C2 5-106 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772264.1 |
Pfam | PF00168 |
C2 | Domain | 5 | 106 | 2.6e-14 | 54.0 | C2 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。