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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000627

染色体: Chr07 坐标: 4232362-4233955 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000627
名称SmilChr07G000627
描述protein SRC2-like
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4232362 - 4233955 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991863
GeneID130991863
locus_tag-
NCBI NameLOC130991863
原始查询LOC130991863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein SRC2-like
产物protein SRC2-like
ArabidopsisAT1G09070 (SRC2)
soybean regulated by cold-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837428]
identity=41; qcov=0.976; evalue=1.01e-46; confidence=medium
RiceOs01g0934100
-
identity=40.7; qcov=1.02; evalue=7.79e-38; confidence=medium
GOGO:0006952 (defense response)
KEGG-
PfamPF00168 (C2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057772264.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057772264.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057772264.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772264.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772264.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4232763 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:4232810 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr7:4232815 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B42,B43,C61,C70
Chr7:4232842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr7:4232942 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr7:4233017 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A8,B108,C14,C29
Chr7:4233129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,B48,C5,C78
Chr7:4233170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B110
Chr7:4233274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B45,B79,B83,C27,C59
Chr7:4233435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A8,B57,B91,C14,C29
Chr7:4233443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C39
Chr7:4233501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772264.1
377 aa
N
1
188
377
C2
C
PF00168 C2 5-106 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772264.1 Pfam PF00168 C2 Domain 5 106 2.6e-14 54.0 C2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916281.1
AATTGTAAATTGTAATTATCGCTATTCCTTGGAAGCCGCCAAGTAATCTTATACACCGTGTCAACGTTGACCTCAAGAATTGTTAACACGTTACGCCATCTCATATTTTATATAGTTTTATACTCGCTTTCAATTAAAAAAAAGAAAAACAAAAATTTATCTCTTTCTCTCTCTTGCAATCTCCGCTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTAAAACCGTTTCTTCGCAACTCATCCGAGATCAGATCACAAAAATGGAGACTCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991863
ATGGAGACTCGAACTCTGGAAATCACGCTTCAATCCGGGAGAGATTTGAACAAAGTCAATCTCATCACGAAAATGGACGTCTACGCCGTCGTTTCGATCTCCGGCGGCGACAAGAGCTCCAAGCAGAAGACCAGGACACCGGTGGACCACGACGGCGACGCCAACCCCACTTGGAACTTCACGATGAAGTTCACCGTGGAGGAGGCGGCGCTGCAGATGAATCGCCTCACCCTCGACTTCAAGCTCGTCTGCGAGCGGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772264.1
METRTLEITLQSGRDLNKVNLITKMDVYAVVSISGGDKSSKQKTRTPVDHDGDANPTWNFTMKFTVEEAALQMNRLTLDFKLVCERALGDKDVGEVNVPIKELLDSPATAAADGKKFVSYQVRKPSGKPKGQLTFSCKFSEKTAAASSAPPYPPAAAPAGKGDFGTYTANPAGTSSGYPPVGSYPPPAGYPKTEGNGHYPPVGSYPPPANPAGTSSNYPPAGSYPPPAGYPVKEGSGQYPPPAGYPVVEGGGHYPPVYPA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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