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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000785

染色体: Chr07 坐标: 5525318-5527099 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000785
名称SmilChr07G000785
描述uncharacterized SmilChr07G000785
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向5525318 - 5527099 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991884
GeneID130991884
locus_tag-
NCBI NameLOC130991884
原始查询LOC130991884

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836054]; symbol=AT5G59350; hit=AT5G59350; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836054]; symbol=AT5G59350; hit=AT5G59350; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G59350 (AT5G59350)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836054]
identity=42.9; qcov=0.954; evalue=3.09e-43; confidence=medium
RiceOs11g0703600
-
identity=37.4; qcov=0.886; evalue=1.15e-28; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991884

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057772312.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057772312.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772312.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772312.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772312.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:5526246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr7:5526260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B2,B78
Chr7:5526303 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr7:5526409 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C17,C26,C9,D7
Chr7:5526432 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr7:5526576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A5,C38,C51,C77
Chr7:5526713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B73
Chr7:5526778 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr7:5526799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B65,C14,C46,C73
Chr7:5526960 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B80,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916329.1
TTATTCTATATGGGTGTGGGGATAGTGAAGCTCTCTCAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCCCATTGGAAGGCTTTTGTTTTGTATCTCTATACATTAATCCATGCTTTTGGCTTTTGCCACCCCATGTGAGGTATCCAGTCAAGAAGATTGTGACCCCTCCAACCATTATACTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACATCCTAATCCATCTCTCTCTCTCTTCTCTCTCTTTTCTCTCTCAAACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991884
ATGGGATCTTTTAGCGGTTTAGGGATTGGTTTGAGCTTCGTGTTTGGGTGCATTTTAATGGGGCTTGTAGCAGAGCTATACTATCTCCTATGGTGGAAGAAGAAGCTTGCAAAAAGCAACAGCACAAGCAGCAGCGGTAGCAGCAGCAGAGAAATTCAAGAATTCAATCTCCTCTTCTGTTGGAGAAAGCCCAAATCATGCAACAGCAACAGCAGCAGCAGCAGCCAAGAACTGACAAACCCAGCAAGAAACCACCAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772312.1
MGSFSGLGIGLSFVFGCILMGLVAELYYLLWWKKKLAKSNSTSSSGSSSREIQEFNLLFCWRKPKSCNSNSSSSSQELTNPARNHQEIEDLESGKEVGLKCEEGIEAELMRVHNLCGPPRFLFTIKEESKEDLELWEDGRSRKGSRTRSLSDVVGGATPFLTPLSSPSPSPASLDCYSHHGINPLFDSLPEAELGRLRSSPPPKFKFLRDAEDKLLRRLLHEEAQTRIIRQNLQQDSILEDGNCGSFVKFLKVREQIHNQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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