Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000774`

染色体: Chr07 坐标: 5421364-5422583 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000774`
名称	SmilChr07G000774
描述	aquaporin TIP1-2-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	5421364 - 5422583 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991888`
GeneID	`130991888`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991888`
原始查询	`LOC130991888`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	aquaporin TIP1-2-like
产物	aquaporin TIP1-2-like
Arabidopsis	`AT4G01470` (TIP1;3) tonoplast intrinsic protein 1;3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828051] identity=75.8; qcov=1; evalue=2.97e-141; confidence=high
Rice	`Os01g0975900` (OsTIP1) - identity=78.6; qcov=1; evalue=7.39e-135; confidence=high
GO	GO:0006833 (water transport); GO:0015250 (water channel activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00230 (MIP)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991888

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057772319.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	0.80000	`XP_057772319.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057772319.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772319.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772319.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:5421458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A9,C4
`Chr7:5421497`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B129
`Chr7:5421524`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,C83
`Chr7:5421563`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,B77
`Chr7:5421637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B6
`Chr7:5421712`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B40,B52,B98,C55
`Chr7:5421712`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B40,B52,B98,C55
`Chr7:5422108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C55
`Chr7:5422256`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A10,A18,B126,B139,C62
`Chr7:5422256`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A10,A18,B126,B139,C62
`Chr7:5422368`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B87,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772319.1

252 aa

126

252

MIP

PF00230 MIP 14-234 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772319.1`	Pfam	`PF00230`	MIP	Family	14	234	2.9e-77	260.1	Major intrinsic protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916336.1
GACATCAACAAAATAACACACTACACTTCTCAACTAAACAAAATCAGTGAAAAATGCCACTTGCAAAAATCGCCGTGGGATCGCCGGCCGAGGCGAGCAAGCCCGACGCCCTCAAAGCCGCGGCGGCGGAGTTCTTCTCCATGCTCATCTTCGTCTTCGCCGGAGAAGGCTCCGGCATGGCATTCGCTAAGCTCACAGACGGTGGCGCCAGCACGCCTTCCGGCCTCATCGCTGCCGCCATCGCCCACGCCTTTGCCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991888
ATGCCACTTGCAAAAATCGCCGTGGGATCGCCGGCCGAGGCGAGCAAGCCCGACGCCCTCAAAGCCGCGGCGGCGGAGTTCTTCTCCATGCTCATCTTCGTCTTCGCCGGAGAAGGCTCCGGCATGGCATTCGCTAAGCTCACAGACGGTGGCGCCAGCACGCCTTCCGGCCTCATCGCTGCCGCCATCGCCCACGCCTTTGCCCTCTTCGTGGCAGTCTCCGTGGGCGCCAACATCTCCGGCGGCCACGTCAACCCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772319.1
MPLAKIAVGSPAEASKPDALKAAAAEFFSMLIFVFAGEGSGMAFAKLTDGGASTPSGLIAAAIAHAFALFVAVSVGANISGGHVNPAVTFGAFVGGHITLFKSILYWIAQLLGSVVACLLLKFATGGLETSAFAVSSGVTVWNAVVFEIVMTFGLVYTVYATAVDPKRGDIGTIAPIAIGFIVGANILAGGAFDGASMNPAVSFGPAVVSWTWSSHWVYWVGPFVGAGIAALVYEVLFINQSDHDQLPVADY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器