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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000688

染色体: Chr07 坐标: 4705413-4708745 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000688
名称SmilChr07G000688
描述PHD finger protein ING1
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4705413 - 4708745 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991890
GeneID130991890
locus_tag-
NCBI NameLOC130991890
原始查询LOC130991890

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述PHD finger protein ING1
产物PHD finger protein ING1
ArabidopsisAT3G24010 (ING1)
RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821986]
identity=66.5; qcov=1; evalue=1.5e-105; confidence=high
RiceOs03g0143600
-
identity=53.7; qcov=1.11; evalue=9.69e-99; confidence=high
GOGO:0005634 (nucleus); GO:0035064 (GO:0035064)
KEGG-
PfamPF12998 (ING)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991890

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057772321.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057772321.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772321.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057772321.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057772321.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4706425 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr7:4706445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,B101
Chr7:4706590 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B67,D5
Chr7:4707403 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr7:4708064 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,B81,C82
Chr7:4708086 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B3,B93,C12
Chr7:4708317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B105

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772321.1
242 aa
N
1
121
242
ING
C
PF12998 ING 5-111 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772321.1 Pfam PF12998 ING Coiled-coil 5 111 6.6e-22 78.7 Inhibitor of growth proteins N-terminal histone-binding

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916338.1
TTTTCACTTTTCACGCAATTGTATATATGAGGGCTCATATTCCTTTCCGTCTGGCGGGAAGATTCGTTAGGGCTCTACAAGATTTCTTCAATTTTCTCTGAAATTGCGCCAAATTTCTCACTCATGCAATGTCTATCAGCGAGGAATTCCAAGCTAATATTGAAGCCTTACCCAATATATTACAAAGGAAATATGCGCTGTTAAGAGATTTGGATAAGAGCTTACAAGAAATCCAGAAGCAAAACGAACAGCGCTGTGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991890
ATGTCTATCAGCGAGGAATTCCAAGCTAATATTGAAGCCTTACCCAATATATTACAAAGGAAATATGCGCTGTTAAGAGATTTGGATAAGAGCTTACAAGAAATCCAGAAGCAAAACGAACAGCGCTGTGAGCAAGAAATAGATGATATGAAGCGTGGTATAAAATCCGGTACCATCACTCCCAATTCTTCCCTTCTCAAATTTACAGATGATGCTGTAGATGAGCAAAAACATGCCATAAGGATTGCCGATGAGAAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772321.1
MSISEEFQANIEALPNILQRKYALLRDLDKSLQEIQKQNEQRCEQEIDDMKRGIKSGTITPNSSLLKFTDDAVDEQKHAIRIADEKVALATQAYDLVDTHIQQLDQYLKKFDEDLRRAEREAMAATPPAHDNNVKAGRSGETSNRGRKKTRLATANAAASSASATGATTAANTSMELDLPVDPNEPTYCFCNQVSYGEMVACDNPDCKIEWFHYGCVGLKEQPKGKWYCSDCVGSQRRRKTR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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