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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000650

染色体: Chr07 坐标: 4385531-4386395 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000650
名称SmilChr07G000650
描述uncharacterized SmilChr07G000650
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4385531 - 4386395 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991901
GeneID130991901
locus_tag-
NCBI NameLOC130991901
原始查询LOC130991901

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819863]; symbol=AT3G06780; hit=AT3G06780; species=arabidopsis; confidence=low
产物glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819863]; symbol=AT3G06780; hit=AT3G06780; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G06780 (AT3G06780)
glycine-rich protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819863]
identity=53.3; qcov=0.319; evalue=1.22e-16; confidence=low
RiceOs01g0346700
-
identity=35.7; qcov=0.372; evalue=3.4e-08; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057772337.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.80000 XP_057772337.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057772337.1
4 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057772337.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057772337.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4385698 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C55,C8
Chr7:4385766 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 1 C1
Chr7:4385766 A AAT 2bp_insertion CDS_variant 1 C1
Chr7:4385769 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B60
Chr7:4385794 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr7:4385795 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B15,B21,B86,C76
Chr7:4385831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr7:4385923 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr7:4385994 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C64,C66
Chr7:4386056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C28
Chr7:4386167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr7:4386192 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B131,B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916354.1
GGAAAATTTGAATAAGAACAAAATATTTCCTTCCACAATTTCAAGCTTCCTTCTCTTTCGTCGTCTTCAAGAAAAATCTCCTATTGTTTCCCCCAAACCTCCCCAACCCCTAACCCTAATTCTCAAATTGACCGTGAAATTAATGGAGATCGCCGTACTTTCCGACGCGATATCATCGATCGCCCACTCGACGCAGTCACTAGGCTTTTCGAATCTCCTCAATCGCCCGTACAACGTTCTTTCCCTCCCCGACACGTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991901
ATGGAGATCGCCGTACTTTCCGACGCGATATCATCGATCGCCCACTCGACGCAGTCACTAGGCTTTTCGAATCTCCTCAATCGCCCGTACAACGTTCTTTCCCTCCCCGACACGTCACCGGATCAAGCATCGCAATCGGCGCCGCCGTTCCATATATCGGCTGCTTCTCCGCCGCCCACGCGAACGCTGACGAGGCGGCGGCTCCGGAGATCCCGTCGCGTGAAGCGGAAAATCGCCACTGATGATGGCGGTGATTTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772337.1
MEIAVLSDAISSIAHSTQSLGFSNLLNRPYNVLSLPDTSPDQASQSAPPFHISAASPPPTRTLTRRRLRRSRRVKRKIATDDGGDFSDGDVYFVFGGDGGNFNNGGDGYFGRGGGGGKGWNFGGYGGANWEDFSNNSIHDPAFDVVYEVLCWIAMSNCLHFALKKVVKFVADGFGDQEKIPMRLTPVC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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