当前解析结果
SmilChr07G000720| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000720 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000720 |
| 描述 | membrane protein PM19L-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5005896 - 5007142 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130991902 |
|---|---|
| GeneID | 130991902 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991902 |
| 原始查询 | LOC130991902 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | membrane protein PM19L-like |
| 产物 | membrane protein PM19L-like |
| Arabidopsis | AT1G04560 (AT1G04560)AWPM-19-like family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839491] identity=61.5; qcov=0.915; evalue=7.55e-69; confidence=high |
| Rice | Os07g0422100 (OsPM19L2)- identity=60.8; qcov=0.841; evalue=5.19e-60; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05512 (AWPM-19) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991902 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.80000 | XP_057772338.1 |
| 2 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057772338.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057772338.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772338.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772338.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5006152 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C68 |
Chr7:5006163 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B38,B39,B5,C14,C17 |
Chr7:5006523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A11 |
Chr7:5006634 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:5007010 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B9,D6 |
Chr7:5007010 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B9,D6 |
Chr7:5007019 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B9,D6 |
Chr7:5007026 |
T |
TAC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B9,D6 |
Chr7:5007026 |
T |
TAC |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B9,D6 |
Chr7:5007034 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 88 | A11,A14,A2,A22,A23,A8,B101,B103,B11,B112,B115,B117,B118,B119,B121,B122,B123,B125,B128,B129,B131,B132,B134,B135,B137,B14,B140,B17,B19,B20,B24,B28,B32,B33,B34,B35,B37,B41,B42,B43,B48,B51,B52,B53,B54,B56,B60,B62,B66,B67,B68,B71,B72,B73,B79,B80,B85,B9,B94,B96,B99,C1,C13,C19,C2,C22,C34,C36,C37,C38,C39,C43,C44,C45,C55,C56,C58,C59,C64,C65,C66,C7,C74,C80,C83,C85,D11,D3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772338.1PF05512
AWPM-19 15-142 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772338.1 |
Pfam | PF05512 |
AWPM-19 | Family | 15 | 142 | 1.1e-47 | 162.4 | AWPM-19-like family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。