Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000586`

染色体: Chr07 坐标: 4010176-4011311 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000586`
名称	SmilChr07G000586
描述	phylloplanin-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	4010176 - 4011311 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130991905`
GeneID	`130991905`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130991905`
原始查询	`LOC130991905`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phylloplanin-like
产物	phylloplanin-like
Arabidopsis	`AT3G16660` (AT3G16660) Pollen Ole e 1 allergen and extensin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820918] identity=51.7; qcov=0.724; evalue=1.41e-30; confidence=medium
Rice	`Os07g0674400` (P0618H09.12) - identity=41.2; qcov=0.73; evalue=2.7e-18; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF30918 (Phylloplanin)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130991905

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057772340.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772340.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772340.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772340.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772340.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:4010415`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C5
`Chr7:4010469`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr7:4010475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C1,C22
`Chr7:4010488`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B34,B80,C13,C34,C56
`Chr7:4010571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B53,D10
`Chr7:4011076`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B88,C27,C4
`Chr7:4011081`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C61
`Chr7:4011081`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C61
`Chr7:4011095`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C1
`Chr7:4011132`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:4011197`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B34,B80,C13,C34,C56
`Chr7:4011220`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772340.1

163 aa

163

Phylloplanin

PF30918 Phylloplanin 42-162 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772340.1`	Pfam	`PF30918`	Phylloplanin	Family	42	162	5e-53	179.2	Phylloplanin antifungal protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916357.1
AAAAAGGGCTCCATTTGCAATACCAAATTAACCAAATCGAAAAATGGCATTAAAATCTCTTCTTGTGTTAGGGCTCTTGATTGGCTGCATCGCATTGCCATGCGCTCAAGCGCAGCTTGGTGGGCTTGGAGGGCTTGGTGGGCTTGGAGGGCTTCTTGGCCCTCTTTTCAGCCTACTTCGAATCCAAGGCATTCTCTACTGCACTCCTAATGGAAACGCCGGCGCCAACGCCACCGCCACCCCGGTTTTCCCTAATGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130991905
ATGGCATTAAAATCTCTTCTTGTGTTAGGGCTCTTGATTGGCTGCATCGCATTGCCATGCGCTCAAGCGCAGCTTGGTGGGCTTGGAGGGCTTGGTGGGCTTGGAGGGCTTCTTGGCCCTCTTTTCAGCCTACTTCGAATCCAAGGCATTCTCTACTGCACTCCTAATGGAAACGCCGGCGCCAACGCCACCGCCACCCCGGTTTTCCCTAATGCTTTGGTGCAGCTGCAGTGTGGTGGAAACGTGGTGTCTTCTGCTAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772340.1
MALKSLLVLGLLIGCIALPCAQAQLGGLGGLGGLGGLLGPLFSLLRIQGILYCTPNGNAGANATATPVFPNALVQLQCGGNVVSSATTDNSGVFSMLLDPINFLLSTLLSGCKLAVNTPLASCNATLPSLGGLVSDLQFIGSTVAGLLNIGNMGPTGFRFSAN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器