Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000620

染色体: Chr07 坐标: 4199689-4202333 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000620
名称SmilChr07G000620
描述uncharacterized SmilChr07G000620
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4199689 - 4202333 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991920
GeneID130991920
locus_tag-
NCBI NameLOC130991920
原始查询LOC130991920

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述uveal autoantigen with coiled-coil/ankyrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827259]; symbol=AT4G15790; hit=AT4G15790; species=arabidopsis; confidence=medium
产物uveal autoantigen with coiled-coil/ankyrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827259]; symbol=AT4G15790; hit=AT4G15790; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT4G15790 (AT4G15790)
uveal autoantigen with coiled-coil/ankyrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827259]
identity=63; qcov=0.761; evalue=1.74e-40; confidence=medium
RiceOs12g0541400
-
identity=58.3; qcov=0.676; evalue=6.67e-34; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991920

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772357.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057772356.1
3 Spindle pole body Spindle pole body 0.20000 XP_057772357.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057772356.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057772356.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4200222 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B6,C17
Chr7:4200222 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B6,C17
Chr7:4200230 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B126,B6,B78,C17
Chr7:4200230 TC T 1bp_deletion CDS_variant 4 B126,B6,B78,C17
Chr7:4201334 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr7:4201764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B13,B52,B98,C55,C63

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916374.1
GCCAACATACTCATTCGATAAAAAGATCATTAAATTAATATATTTACATTTACTACCTAAATAAAACAGCGCTCAAGACATTTTATGTATTTTCGATGATAACATAATTCACATTCAGTGATATGTTTACAGTAAATTTAATTTATATCTAATTATATATATTTATATTTTTTATTCAATCTCATTATATATTTATAGTTGATGCTAATGGAATATAAATTTGCCCGCCCTAAGTTTGAACTCGAAATTCAATTTTTTTA...
XM_057916373.1
GCCAACATACTCATTCGATAAAAAGATCATTAAATTAATATATTTACATTTACTACCTAAATAAAACAGCGCTCAAGACATTTTATGTATTTTCGATGATAACATAATTCACATTCAGTGATATGTTTACAGTAAATTTAATTTATATCTAATTATATATATTTATATTTTTTATTCAATCTCATTATATATTTATAGTTGATGCTAATGGAATATAAATTTGCCCGCCCTAAGTTTGAACTCGAAATTCAATTTTTTTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130991920
ATGGAACAGCCGGAATCCGTTCCTCCTCTAGCTCCTCTCTCCGAGAAAAAGGAGAATGTAACGCCGATGAATCCTAAGATTGCGGAACTGGCTGAATCGCGGCAGGAGCTTGTCAGCAGAATACATAATCTTAAACAGGACCTCCAAAACTGGAGAATGAAGCTGGACACTCAAGTTAAGGTTTACCGTGATGAGCTCTCAGAGCTCAAGAAGTCGCTAAATACTGAAGTTGATCAGCTCCGAACAGAATTTCAAGAACT...
LOC130991920
ATGGAACAGCCGGAATCCGTTCCTCCTCTAGCTCCTCTCTCCGAGAAAAAGGAGAATGTAACGCCGATGAATCCTAAGATTGCGGAACTGGCTGAATCGCGGCAGGAGCTTGTCAGCAGAATACATAATCTTAAACAGGACCTCCAAAACTGGAGAATGAAGCTGGACACTCAAGTTAAGGTTTACCGTGATGAGCTCTCAGAGCTCAAGAAGTCGCTAAATACTGAAGTTGATCAGCTCCGAACAGAATTTCAAGAACT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057772356.1
MEQPESVPPLAPLSEKKENVTPMNPKIAELAESRQELVSRIHNLKQDLQNWRMKLDTQVKVYRDELSELKKSLNTEVDQLRTEFQELRTTLQQQQEDVATSLKNLGLQDDVGEAKEVGGTSDVEISKIIDQGSPKDEGKATHDS
XP_057772357.1
MEQPESVPPLAPLSEKKENVTPMNPKIAELAESRQELVSRIHNLKQDLQNWRMKLDTQVKVYRDELSELKKSLNTEVDQLRTEFQELRTTLQQQQEDVATSLKNLGDDVGEAKEVGGTSDVEISKIIDQGSPKDEGKATHDS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器