当前解析结果
SmilChr07G000690| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000690 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000690 |
| 描述 | NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-B |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 4720646 - 4723656 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991921 |
|---|---|
| GeneID | 130991921 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991921 |
| 原始查询 | LOC130991921 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-B |
| 产物 | NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 13-B |
| Arabidopsis | AT2G33220 (AT2G33220)GRIM-19 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817884] identity=83.9; qcov=1; evalue=1.19e-88; confidence=high |
| Rice | Os03g0192400- identity=80.6; qcov=0.972; evalue=3.26e-80; confidence=high |
| GO | GO:0005747 (GO:0005747) |
| KEGG | smil00190 (Oxidative phosphorylation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF06212 (GRIM-19) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991921 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057772358.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057772358.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 1.00000 | XP_057772358.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772358.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772358.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:4720893 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B125,B44,C2,C60 |
Chr7:4720914 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:4720924 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,B86,C10,C76 |
Chr7:4720950 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,B86,C10,C76 |
Chr7:4720968 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B15,B86,C10,C76 |
Chr7:4721082 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B17,B67,D5 |
Chr7:4721091 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B104,B125,B81,C82 |
Chr7:4723362 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B107,B110,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772358.1PF06212
GRIM-19 20-137 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772358.1 |
Pfam | PF06212 |
GRIM-19 | Family | 20 | 137 | 3.9e-42 | 144.1 | GRIM-19 protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。