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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000616

染色体: Chr07 坐标: 4182334-4184347 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr07G000616
名称SmilChr07G000616
描述heat shock factor-binding protein
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向4182334 - 4184347 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130991936
GeneID130991936
locus_tag-
NCBI NameLOC130991936
原始查询LOC130991936

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述heat shock factor-binding protein
产物heat shock factor-binding protein
ArabidopsisAT4G15802 (HSBP)
heat shock factor binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827261]
identity=74.7; qcov=1.02; evalue=4.31e-39; confidence=medium
RiceOs06g0274000 (OsHSBP2)
-
identity=70.4; qcov=0.953; evalue=3.33e-31; confidence=medium
GOGO:0003714 (transcription corepressor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0070370 (cellular heat acclimation)
KEGG-
PfamPF06825 (HSBP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130991936

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057772377.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057772377.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057772377.1
4 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057772377.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057772377.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:4184052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,B53
Chr7:4184096 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772377.1
85 aa
N
1
42
85
HSBP1
C
PF06825 HSBP1 13-60 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057772377.1 Pfam PF06825 HSBP1 Coiled-coil 13 60 9.7e-25 86.9 Heat shock factor binding protein 1

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916394.1
ATTAAAGCTCAGTCACATACTCACATCTCACAATTCAAAATCTCACAAAATTTTCATCTCAATTTCTCTCTCTAGGGCATTTCCAGCGAAGATTTCACTCCCAAAAGATGGATGGTCAAGATGATGCTAAACAAAGCACCGCTGACATGACTGCGTTTGTGCAAAATCTTCTTCAGCAAATGCAATCAAGGTTTCAGACAATGTCAGAATCTATCATCTCTAAAATTGATGAGATGGGTAACCGGATTGATGAGTTGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130991936
ATGGATGGTCAAGATGATGCTAAACAAAGCACCGCTGACATGACTGCGTTTGTGCAAAATCTTCTTCAGCAAATGCAATCAAGGTTTCAGACAATGTCAGAATCTATCATCTCTAAAATTGATGAGATGGGTAACCGGATTGATGAGTTGGAGCAGAGCATCAACGATCTTAGAGCTGAGATGGGTCAAGAAGGCACTCCATCGCCTTCAGATCCAGTGAAGACTGGAGAAGAACCCAAGTCTGGTGGAGATAGTTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772377.1
MDGQDDAKQSTADMTAFVQNLLQQMQSRFQTMSESIISKIDEMGNRIDELEQSINDLRAEMGQEGTPSPSDPVKTGEEPKSGGDS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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