当前解析结果
SmilChr07G000820| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000820 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000820 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000820 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 5790151 - 5793314 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130991989 |
|---|---|
| GeneID | 130991989 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130991989 |
| 原始查询 | LOC130991989 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Rab5-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836060]; symbol=AT5G59410; hit=AT5G59410; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | Rab5-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836060]; symbol=AT5G59410; hit=AT5G59410; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G59410 (AT5G59410)Rab5-interacting family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836060] identity=75.2; qcov=1; evalue=2.03e-71; confidence=high |
| Rice | Os05g0110600- identity=60.1; qcov=1; evalue=4.19e-55; confidence=high |
| GO | GO:0097250 (mitochondrial respirasome assembly) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07019 (EMC6) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130991989 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057772415.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057772415.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057772415.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772415.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772415.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:5790563 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B10,B34 |
Chr7:5791741 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:5791819 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr7:5792784 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:5792820 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C83 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772415.1PF07019
EMC6 49-128 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772415.1 |
Pfam | PF07019 |
EMC6 | Family | 49 | 128 | 7.4e-18 | 65.5 | EMC6 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。