Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003320`

染色体: Chr01 坐标: 51910672-51913740 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003320`
名称	SmilChr01G003320
描述	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	51910672 - 51913740 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992010`
GeneID	`130992010`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992010`
原始查询	`LOC130992010`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
产物	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
Arabidopsis	`AT3G21350` (MED6) RNA polymerase transcriptional regulation mediator-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821689] identity=69.2; qcov=0.932; evalue=3.9e-109; confidence=high
Rice	`Os06g0217500` (OsMED6) - identity=71.5; qcov=0.908; evalue=7.88e-112; confidence=high
GO	GO:0003713 (transcription coactivator activity); GO:0006357 (regulation of transcription by RNA polymerase II); GO:0016592 (mediator complex); GO:0070847 (core mediator complex)
KEGG	-
Pfam	PF04934 (Med6)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992010

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057772449.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772449.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772449.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057772449.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057772449.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:51910831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C25,C30,D3
`Chr1:51911015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,B89,D8
`Chr1:51911022`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr1:51911025`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C11
`Chr1:51911025`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C11
`Chr1:51912327`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,D11
`Chr1:51913126`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr1:51913194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr1:51913216`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772449.1

251 aa

126

251

Med6

PF04934 Med6 33-158 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772449.1`	Pfam	`PF04934`	Med6	Family	33	158	1.5e-40	138.7	MED6 mediator sub complex component

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916466.1
GTCGTTTCGGAATATTGGATTTTCTCTCTCTGCTCTAAATTTCGCTGTTACCTTTCAAGTGCACATAAAATTTGAGCTTTTACTTTTCAGTACACTGTCACTTTTACTGCACAACTATGGCAACTACGCCGATGATTCCACCGCCGGCAGATGGAGGCGCGCCTCCACCAAGCATGGCGCCGCCGCCGCCGCCGGGAACAGACATGACTAGCATTTGCTTTCGCGATCAGCTATGGCTCAACACGTATCCACTCGACCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992010
ATGGCAACTACGCCGATGATTCCACCGCCGGCAGATGGAGGCGCGCCTCCACCAAGCATGGCGCCGCCGCCGCCGCCGGGAACAGACATGACTAGCATTTGCTTTCGCGATCAGCTATGGCTCAACACGTATCCACTCGACCGAAACCTAGTTTTCGATTACTTCGCCCTCTCTCCCTTCTACGATTACTCGTGCAATAATGAGCAGCTTCGCCTCCGCGCTATTCACCCCCTCGACATCTCTCACCTTTCGAAGATGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772449.1
MATTPMIPPPADGGAPPPSMAPPPPPGTDMTSICFRDQLWLNTYPLDRNLVFDYFALSPFYDYSCNNEQLRLRAIHPLDISHLSKMTGTEFMLSEVLEPHLFVFRKQKRDGPEKVTPMLTYYVLDGSVYQAPQLCNVFASRVGRALYHISKAFNTAASKLEKIGYVDAENESASSEPKAPKETINFKELKRVDHILASLQRKLPPAPPPPPFPEGYAPPTADGEKSSDAQQEQLATVDPIIDQGPSKRMKV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器