当前解析结果
SmilChr07G000844| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000844 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000844 |
| 描述 | calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6013506 - 6016163 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992016 |
|---|---|
| GeneID | 130992016 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992016 |
| 原始查询 | LOC130992016 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 1 |
| 产物 | calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 1 |
| Arabidopsis | AT5G58940 (CRCK1)calmodulin-binding receptor-like cytoplasmic kinase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836011] identity=52.7; qcov=0.951; evalue=5.76e-148; confidence=high |
| Rice | Os03g0148700 (OsRLCK100)- identity=61.5; qcov=0.653; evalue=1.1e-130; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992016 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057772455.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772455.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772455.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772455.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772455.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6013877 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:6013964 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B52,B98,C55 |
Chr7:6014282 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B115,B20,C8 |
Chr7:6014287 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B132,B85,C26,D7 |
Chr7:6014350 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:6014484 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,B26,C25 |
Chr7:6014578 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B44,C42 |
Chr7:6015649 |
G |
GGA |
2bp_insertion | frameshift_variant | 1 | C2 |
Chr7:6015649 |
G |
GGA |
2bp_insertion | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr7:6015678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C3,D1 |
Chr7:6015703 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B52,B98,C55 |
Chr7:6015725 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772455.1PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 138-409 aa
PF00069
Pkinase 138-410 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772455.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 138 | 409 | 7.5e-50 | 170.3 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
XP_057772455.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 138 | 410 | 1.4e-49 | 169.6 | Protein kinase domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。