当前解析结果
SmilChr07G000859| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000859 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000859 |
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6112241 - 6115210 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992035 |
|---|---|
| GeneID | 130992035 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992035 |
| 原始查询 | LOC130992035 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1 |
| 产物 | peptidyl-prolyl cis-trans isomerase CYP20-1 |
| Arabidopsis | AT5G58710 (ROC7)rotamase CYP 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835985] identity=90.2; qcov=0.893; evalue=1.49e-122; confidence=high |
| Rice | Os06g0708500 (OsCYP20-1)- identity=87.2; qcov=0.956; evalue=5.96e-127; confidence=high |
| GO | GO:0000413 (protein peptidyl-prolyl isomerization); GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0006457 (protein folding); GO:0043231 (intracellular membrane-bounded organelle) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00160 (Pro_isomerase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992035 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057772479.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum lumen | 内质网腔 | 0.60000 | XP_057772479.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057772479.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772479.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772479.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6112426 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 67 | A11,A16,A18,A23,A7,A9,B1,B101,B102,B104,B108,B109,B11,B112,B115,B123,B132,B136,B139,B15,B19,B20,B22,B23,B3,B30,B32,B35,B41,B44,B53,B58,B61,B63,B64,B66,B69,B7,B73,B80,B81,B83,B89,B91,B93,B94,B99,C15,C19,C29,C3,C32,C33,C41,C42,C48,C5,C55,C59,C6,C68,C7,C71,C77,C80,D10,D7 |
Chr7:6112510 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr7:6112973 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B131,B56,B96 |
Chr7:6113477 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B115,B121,B20,C8 |
Chr7:6114461 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,C3 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772479.1PF00160
Pro_isomerase 39-200 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772479.1 |
Pfam | PF00160 |
Pro_isomerase | Domain | 39 | 200 | 5.4e-48 | 163.9 | Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。