Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000863`

染色体: Chr07 坐标: 6160300-6163893 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000863`
名称	SmilChr07G000863
描述	acyl-lipid omega-3 desaturase (cytochrome b5), endoplasmic reticulum-like
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	6160300 - 6163893 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992039`
GeneID	`130992039`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992039`
原始查询	`LOC130992039`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	acyl-lipid omega-3 desaturase (cytochrome b5), endoplasmic reticulum-like
产物	acyl-lipid omega-3 desaturase (cytochrome b5)%2C endoplasmic reticulum-like
Arabidopsis	`AT2G29980` (FAD3) fatty acid desaturase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817548] identity=70.9; qcov=0.911; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0290300` (OsFAD7) - identity=71.8; qcov=0.895; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016717 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with oxidation of a pair of donors resulting in the reduction of molecular oxygen to two molecules of water)
KEGG	-
Pfam	PF00487 (FA_desaturase); PF11960 (DUF3474)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992039

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057772484.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	1.00000	`XP_057772484.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772484.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772484.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772484.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:6160647`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C84
`Chr7:6160647`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C84
`Chr7:6160651`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr7:6160697`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B14,B44
`Chr7:6161647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B20,C8
`Chr7:6161879`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr7:6162107`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr7:6163241`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B12,B98,C48,C80
`Chr7:6163495`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C73

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772484.1

392 aa

196

392

DUF3474

FA_desaturase

PF11960 DUF3474 22-82 aa PF00487 FA_desaturase 89-345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772484.1`	Pfam	`PF11960`	DUF3474	Family	22	82	1.8e-24	87.3	Domain of unknown function (DUF3474)
`XP_057772484.1`	Pfam	`PF00487`	FA_desaturase	Domain	89	345	1e-31	111.3	Fatty acid desaturase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916501.1
AATATAGAAGCACTCCTTTGCTAAAATAAGCTCACTCCCTCGCCTCCCCTCTCTCCTCCACAAATCTCAACACGTATATACGTATTCACCCCCCTCTCTCTCTATATATATATACCCCACCCACGCCTATTCCATTCCTTCTAACTCAAAACTCGAGTTCCTCGATTCAAACCCCCTCCCCCCTAAAATGGCCGTTTCTTCTGGTGCCAGCCTCTCCAAGAGTGGCGCTGAAGGAGAGGTTTACGACGGCCACTACGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992039
ATGGCCGTTTCTTCTGGTGCCAGCCTCTCCAAGAGTGGCGCTGAAGGAGAGGTTTACGACGGCCACTACGAGCAGTTCGAAGGAATCGGAAAGCGCGCCGCCGACAAGTTCGACCCCGCCGCGCCGCCGCCGTTCAAAATCGCCGACATCCGCGCCGCCATCCCGCCGCATTGCTGGATCAAGGACCCCTGGCGCTCGCTCAGCTATGTCGCCTGGGACCTCGCCGCCGTCGCCGGACTCCTCGCCGCCGCCGCCTACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772484.1
MAVSSGASLSKSGAEGEVYDGHYEQFEGIGKRAADKFDPAAPPPFKIADIRAAIPPHCWIKDPWRSLSYVAWDLAAVAGLLAAAAYLNSWAFWPIYWVAQGTMFWALFVLGHDCGHGSFSDNTTLNNVVGHVLHSSILVPYHGWRISHRTHHQNHGHVEKDESWVPLPENLYKQLDFSTKFLRYKIPFPMFAYPLYLWYRSPGKTGSHFNPYSSLFKPNERDLVITSTICWAAMVASLLYASTIVGPSSLFKLYGVPYLI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器