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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr07G000865`

染色体: Chr07 坐标: 6176182-6177585 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr07G000865`
名称	SmilChr07G000865
描述	probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1
染色体 / SeqID	Chr07 / NC_080393.1
坐标与链方向	6176182 - 6177585 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130992041`
GeneID	`130992041`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130992041`
原始查询	`LOC130992041`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1
产物	probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1
Arabidopsis	`AT5G01410` (RSR4) Aldolase-type TIM barrel family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831738] identity=91.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os07g0100200` (OsPDX1.3a) - identity=86.3; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0006520 (amino acid metabolic process); GO:0008615 (pyridoxine biosynthetic process); GO:0016843 (amine-lyase activity); GO:0042823 (pyridoxal 5'-phosphate biosynthetic process)
KEGG	smil00750 (Vitamin B6 metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01680 (SOR_SNZ); PF05690 (ThiG)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130992041

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057772486.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057772486.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057772486.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057772486.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057772486.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr7:6176582`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,B134,B2
`Chr7:6176632`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr7:6176657`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B117,B33
`Chr7:6176716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B3,B33,B53
`Chr7:6176863`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr7:6176893`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr7:6177023`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C80
`Chr7:6177023`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C80
`Chr7:6177026`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr7:6177202`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr7:6177232`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B131,B56
`Chr7:6177247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,C12

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772486.1

310 aa

155

310

SOR_SNZ

ThiG

PF01680 SOR_SNZ 24-229 aa PF05690 ThiG 206-273 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057772486.1`	Pfam	`PF01680`	SOR_SNZ	Domain	24	229	6.3e-112	373.1	SOR/SNZ family
`XP_057772486.1`	Pfam	`PF05690`	ThiG	Domain	206	273	2.3e-11	44.2	Thiazole biosynthesis protein ThiG

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057916503.1
CAAAAGACAAATGAAAGATTTTTATTATGAAAAAAGATTGTATTTTGGGGCCTAGTAAAGCGCCTCCCATTGTGCCAATGAGCAACAAAAAATCCGAAACCCTAGCCTCCTCGGAAAAACAAACTTGAGCCTGTAGATTTCTGCACCCGTTGGCCTCATCTTCACCATTAAAATACTCATCAATTAATAGTAGTATCAAAAAATTTCTTCCAATTTGCATAAATATTGGACCATACATACAAAGTGCTAAAACAAATTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130992041
ATGGCCGGAAGCGGAGTGGTGACCGTGTACGGCAACGGCGCCATCGCGGAGACGACGAAGCAATCCCCCTTCTCCGTGAAGGTGGGGCTTGCCCAGATGCTCCGCGGCGGCGTCATCATGGACGTGGTGACCCCGGAGCAAGCCCGCATCGCGGAGGAGGCCGGCGCGTGCGCCGTCATGGCCCTGGAGCGCGTGCCGGCGGACATCCGGGCCCAGGGCGGCGTGGCCCGCATGTCGGACCCGCAGCTGATCAAGGAGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057772486.1
MAGSGVVTVYGNGAIAETTKQSPFSVKVGLAQMLRGGVIMDVVTPEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQLIKEIKQTVTIPVMAKARIGHFAEAQILEAIGIDYVDESEVLTVADEDNHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRVREGAAMIRTKGEAGTGNVVEAVRHVRSVMGDIRVLRNMDDDEVFAFAKKIQAPYDLVMQTKQLGRLPVVHFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGVFKSGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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