当前解析结果
SmilChr07G000894| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000894 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000894 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr07G000894 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6430396 - 6431201 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130992068 |
|---|---|
| GeneID | 130992068 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992068 |
| 原始查询 | LOC130992068 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837208]; symbol=AT1G06980; hit=AT1G06980; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837208]; symbol=AT1G06980; hit=AT1G06980; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT1G06980 (AT1G06980)6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837208] identity=43.2; qcov=1.25; evalue=1.47e-37; confidence=medium |
| Rice | Os05g0165200 (OSJNBa0027N19.12)- identity=44.7; qcov=1.26; evalue=3.7e-35; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14009 (PADRE) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992068 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057772524.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772524.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772524.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772524.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772524.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6430558 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr7:6430574 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B118,B2,B46,C78 |
Chr7:6430802 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B95 |
Chr7:6430829 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,C63 |
Chr7:6430877 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B61,B91,C31 |
Chr7:6430893 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A10,A25,B126,B71,B88 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772524.1PF14009
PADRE 1-133 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772524.1 |
Pfam | PF14009 |
PADRE | Domain | 1 | 133 | 1.5e-27 | 97.9 | PADRE domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。