同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;身份待核实的名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr07G000897

染色体: Chr07 坐标: 6438990-6440992 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一基因 IDSmilChr07G000897
名称SmilChr07G000897
描述protein LURP-one-related 7
染色体 / SeqIDChr07 / NC_080393.1
坐标与链方向6438990 - 6440992 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130992071
GeneID130992071
locus_tag-
NCBI 名称LOC130992071
原始查询LOC130992071

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功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein LURP-one-related 7
产物protein LURP-one-related 7
拟南芥AT2G30270 (AT2G30270)
LURP-one-like protein (DUF567) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817577]
identity=42.78; qcov=0.882; evalue=4.18e-33; confidence=medium
水稻Os05g0339200
-
identity=39.7; qcov=0.635; evalue=1.58e-21; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04525 (LOR)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130992071

打开注释模块

亚细胞定位候选(最多五项)

预测得分表示模型支持程度,不能作为定位概率;所有候选均需实验验证。

方法与数据说明

当前结果已使用全部46,325条核基因组蛋白的完整原生特征重算。逐条核验39×39×7 PROFEAT、1280维ESM2、整条序列及五组模型的定位判定;当前模型、阈值文件和执行种子有记录。历史缓存及历史执行版本仍未确认。结果为计算候选,预测得分表示模型支持程度,不是校准概率,也不代表实验确认或已建立的预测准确率。模型含部分动物相关标签,应谨慎解读其在植物中的适用性。 四舍五入后概率与阈值相等的481条记录已按未舍入模型值再次复核,原始投票全部一致。

排序定位位置预测得分蛋白 ID
1 细胞质 0.80000 XP_057772526.1
2 细胞膜 0.40000 XP_057772526.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 参考等位基因 变异等位基因 类型 影响 携带材料数 材料
Chr7:6439093 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B77,C63
Chr7:6439117 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B13,B98,C48,C80
Chr7:6439720 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B91
Chr7:6439783 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A2,B131,B56,B96,C48
Chr7:6439825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B72
Chr7:6439827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,B91,D1
Chr7:6439847 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,C73
Chr7:6440548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr7:6440587 C CTA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B58,C13,C6
Chr7:6440587 C CTA 2bp_insertion CDS_variant 3 B58,C13,C6
Chr7:6440588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B4,B51,C1,C24
Chr7:6440589 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B58,C13,C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057772526.1
203 aa
N
1
102
203
LOR
C
PF04525 LOR 23-195 aa
蛋白 ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value 得分 说明
XP_057772526.1 Pfam PF04525 LOR Domain 23 195 1.7e-29 104.1 LURP-one-related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057916543.1
AAAAAGGAAGTGCAACTTTGAATCTCTTATCAGTTACTATTATTCCGTATTCGTTCTCACTCGGATTGGATCATTGGACTTCTGCTACATTTTTCCTCCACCATATACGTTTACTTTTCTGTTAAACAAGAAGAATAAACAGAAACAACTCTTGGAAAAAGTTCATTCCATCAATTTATCACCCATGATTTAATGGGGGAGAACTCGTCGATCCCATTCGAACAGTTCAAGCTCTCGGCCGATTCCGAAATCCCATTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080393.1_cds_XP_057772526.1_35546
ATGGGGGAGAACTCGTCGATCCCATTCGAACAGTTCAAGCTCTCGGCCGATTCCGAAATCCCATTTGATCTATTCGTATCCAAGAAATACAAGGGCCTCGGGGTTCGAGGATTTGTTAGATTCGCTGATTCAACCGGAAATTCGGTGTACACAGTGCAGAAATCGTCGTACAAATCAGCTGCTCGCGATCAAGATTGCGTGAAGCAGCTCCTCGATTCTTCTGGAAATATCCTTTTCTCAATTGCCCGAGTTGACAAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057772526.1
MGENSSIPFEQFKLSADSEIPFDLFVSKKYKGLGVRGFVRFADSTGNSVYTVQKSSYKSAARDQDCVKQLLDSSGNILFSIARVDKGSWRGYKGNGEDKEVIFTVEKRVDVSRRAEFGVLLVNNSNEDSKTELLMKGNPFKRSCTIYKGDSIVAQTSLMYKLGMGKVFVPRNRFRVTIFPGFADRSLVACLIAVYFDGRKLWI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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