当前解析结果
SmilChr07G000896| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000896 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000896 |
| 描述 | protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6436707 - 6439199 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992072 |
|---|---|
| GeneID | 130992072 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992072 |
| 原始查询 | LOC130992072 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2-like |
| 产物 | protein DMR6-LIKE OXYGENASE 2-like |
| Arabidopsis | AT3G19010 (AT3G19010)2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821434] identity=52.27; qcov=1.0; evalue=4.75e-133; confidence=high |
| Rice | Os03g0618300- identity=58.24; qcov=0.994; evalue=1.33e-138; confidence=high |
| GO | GO:0051213 (dioxygenase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992072 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | 五折投票比例 | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057772527.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057772527.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6436929 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B77,C63 |
Chr7:6437010 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,C11,C39,C46,C69 |
Chr7:6437059 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | A4,C12,C43 |
Chr7:6437059 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | A4,C12,C43 |
Chr7:6437127 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr7:6437156 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr7:6437160 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr7:6437326 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B72 |
Chr7:6437331 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B118,B2,B46,C78 |
Chr7:6437434 |
C |
CA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B107 |
Chr7:6437434 |
C |
CA |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr7:6438055 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772527.1PF14226
DIOX_N 26-148 aa
PF03171
2OG-FeII_Oxy 199-295 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772527.1 |
Pfam | PF14226 |
DIOX_N | Family | 26 | 148 | 3e-32 | 112.4 | non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal |
XP_057772527.1 |
Pfam | PF03171 |
2OG-FeII_Oxy | Domain | 199 | 295 | 1.3e-31 | 109.6 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。