当前解析结果
SmilChr07G000910| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000910 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000910 |
| 描述 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6 |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6501582 - 6504654 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992084 |
|---|---|
| GeneID | 130992084 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992084 |
| 原始查询 | LOC130992084 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6 |
| 产物 | EPIDERMAL PATTERNING FACTOR-like protein 6 |
| Arabidopsis | AT2G30370 (CHAL)allergen-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817587] identity=72.1; qcov=0.54; evalue=1.1e-28; confidence=medium |
| Rice | Os05g0476400- identity=45.7; qcov=0.921; evalue=2.56e-27; confidence=medium |
| GO | GO:0010052 (guard cell differentiation); GO:0010374 (stomatal complex development) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF17181 (EPF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992084 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057772540.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772540.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057772540.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057772540.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057772540.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6504143 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C58 |
Chr7:6504380 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 7 | B18,B23,B6,C2,C53,C54,C67 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772540.1PF17181
EPF 76-126 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772540.1 |
Pfam | PF17181 |
EPF | Family | 76 | 126 | 4.6e-20 | 72.0 | Epidermal patterning factor proteins |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。