当前解析结果
SmilChr07G000935| 统一新 Gene ID | SmilChr07G000935 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr07G000935 |
| 描述 | phospholipase SGR2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr07 / NC_080393.1 |
| 坐标与链方向 | 6672879 - 6682329 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130992104 |
|---|---|
| GeneID | 130992104 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130992104 |
| 原始查询 | LOC130992104 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | phospholipase SGR2-like |
| 产物 | phospholipase SGR2-like |
| Arabidopsis | AT1G31480 (SGR2)shoot gravitropism 2 (SGR2) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840038] identity=59.5; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0110700 (FSE1)- identity=58.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004620 (glycerophospholipase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02862 (DDHD) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130992104 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057772582.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057772582.1 |
| 3 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 0.20000 | XP_057772582.1 |
| 4 | Peroxisome | 过氧化物酶体 | 0.20000 | XP_057772582.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057772582.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr7:6673259 |
CCT |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C9 |
Chr7:6673259 |
CCT |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C9 |
Chr7:6673271 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B44 |
Chr7:6673618 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B87 |
Chr7:6674730 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr7:6674734 |
TA |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B108 |
Chr7:6674734 |
TA |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr7:6675663 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr7:6676104 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B106 |
Chr7:6676104 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B106 |
Chr7:6676111 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B129,C23 |
Chr7:6676175 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057772582.1PF02862
DDHD 715-828 aa
PF02862
DDHD 849-913 aa
XP_057772583.1PF02862
DDHD 715-827 aa
PF02862
DDHD 848-910 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057772582.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 715 | 828 | 1.9e-44 | 153.5 | DDHD domain |
XP_057772582.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 849 | 913 | 1.9e-44 | 153.5 | DDHD domain |
XP_057772583.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 715 | 827 | 3.6e-44 | 152.6 | DDHD domain |
XP_057772583.1 |
Pfam | PF02862 |
DDHD | Family | 848 | 910 | 3.6e-44 | 152.6 | DDHD domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。